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- PDB-8g3n: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3n
タイトルN2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI9 Fab molecules
要素
  • FNI9 Fab heavy chain
  • FNI9 Fab light chain
  • Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral glycoprotein / antibody / Fab / influenza / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dang, H. / Snell, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry.
著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto /
要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Neuraminidase
E: FNI9 Fab heavy chain
F: FNI9 Fab light chain
J: Neuraminidase
A: FNI9 Fab heavy chain
D: FNI9 Fab light chain
K: Neuraminidase
B: FNI9 Fab heavy chain
H: FNI9 Fab light chain
L: Neuraminidase
C: FNI9 Fab heavy chain
I: FNI9 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,74740
ポリマ－410,95312
非ポリマー14,79428
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21J
12G
22K
13G
23L
14E
24A
15E
25B
16E
26C
17F
27D
18F
28H
19F
29I
110J
210K
111J
211L
112A
212B
113A
213C
114D
214H
115D
215I
116K
216L
117B
217C
118H
218I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAILEILEGA82 - 469105 - 492
21ALAALAILEILEJD82 - 469105 - 492
12ALAALAILEILEGA82 - 469105 - 492
22ALAALAILEILEKG82 - 469105 - 492
13ALAALAILEILEGA82 - 469105 - 492
23ALAALAILEILELJ82 - 469105 - 492
14GLNGLNSERSEREB1 - 1301 - 130
24GLNGLNSERSERAE1 - 1301 - 130
15GLNGLNSERSEREB1 - 1301 - 130
25GLNGLNSERSERBH1 - 1301 - 130
16GLNGLNSERSEREB1 - 1301 - 130
26GLNGLNSERSERCK1 - 1301 - 130
17GLUGLUTHRTHRFC1 - 1101 - 110
27GLUGLUTHRTHRDF1 - 1101 - 110
18GLUGLUTHRTHRFC1 - 1101 - 110
28GLUGLUTHRTHRHI1 - 1101 - 110
19GLUGLUTHRTHRFC1 - 1101 - 110
29GLUGLUTHRTHRIL1 - 1101 - 110
110ALAALAILEILEJD82 - 469105 - 492
210ALAALAILEILEKG82 - 469105 - 492
111ALAALAILEILEJD82 - 469105 - 492
211ALAALAILEILELJ82 - 469105 - 492
112GLNGLNSERSERAE1 - 1301 - 130
212GLNGLNSERSERBH1 - 1301 - 130
113GLNGLNSERSERAE1 - 1301 - 130
213GLNGLNSERSERCK1 - 1301 - 130
114GLUGLUTHRTHRDF1 - 1101 - 110
214GLUGLUTHRTHRHI1 - 1101 - 110
115GLUGLUTHRTHRDF1 - 1101 - 110
215GLUGLUTHRTHRIL1 - 1101 - 110
116ALAALAILEILEKG82 - 469105 - 492
216ALAALAILEILELJ82 - 469105 - 492
117GLNGLNSERSERBH1 - 1301 - 130
217GLNGLNSERSERCK1 - 1301 - 130
118GLUGLUTHRTHRHI1 - 1101 - 110
218GLUGLUTHRTHRIL1 - 1101 - 110

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

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要素

-
抗体 , 2種, 8分子 EABCFDHI

#2: 抗体
FNI9 Fab heavy chain


分子量: 24418.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体
FNI9 Fab light chain


分子量: 23565.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 GJKL

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 54755.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A/Tanzania/205/2010 H3N2
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9SU56
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
糖 , 4種, 23分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 4 FNI9 Fabs in complex with tetrameric N2 NA protein from A/Tanzania/2010 strain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
310 mMCalcium ChlorideCaCl21
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 217552 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.9→159.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / SU B: 9.268 / SU ML: 0.17 / ESU R: 0.302
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29834 --
obs0.29834 248559 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 87.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 20321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0110.01320876
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01418464
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7841.71328498
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.3621.64142782
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.02452500
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.07521.9071028
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg11.817153144
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.59315136
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0880.22953
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0223291
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.024886
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.4828.52610036
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.4828.52310035
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it14.67612.79212524
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other14.67512.79512525
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it11.3869.87310840
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other11.3859.87610841
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other18.63214.35715975
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined28.49178374
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other28.49278371
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11G240020.02
12J240020.02
21G240060.02
22K240060.02
31G240020.02
32L240020.02
41E76760.03
42A76760.03
51E77140
52B77140
61E77140
62C77140
71F64740.02
72D64740.02
81F64840
82H64840
91F64840
92I64840
101J240180
102K240180
111J240140
112L240140
121A76760.03
122B76760.03
131A76780.03
132C76780.03
141D64740.02
142H64740.02
151D64740.02
152I64740.02
161K240180
162L240180
171B77180
172C77180
181H64860
182I64860
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.166 18429 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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