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万見
- PDB-8g3i: Non-ribosomal PCP-C didomain (thioether stabilised glycolic acid)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3i
タイトルNon-ribosomal PCP-C didomain (thioether stabilised glycolic acid) acceptor bound state
要素PCP-C didomain
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / C-domain / PCP-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YJI / Non-ribosomal peptide synthase:Amino acid adenylation
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca YX (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Ho, Y.T.C. / Izore, T. / Cryle, M.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190101272 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1140619 オーストラリア
引用ジャーナル: Front Catal / 年: 2023
タイトル: Exploring the selectivity and engineering potential of an NRPS condensation domain involved in the biosynthesis of the thermophilic siderophore fuscachelin
著者: Ho, Y.T.C. / Izore, T. / Kaczmarski, J.A. / Marschall, E. / Ratnayake, M. / Tailhades, J. / Steer, D.L. / Schittenhelm, R.B. / Tosin, M. / Jackson, C.J. / Cryle, M.J.
履歴
登録2023年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCP-C didomain
B: PCP-C didomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7814
ポリマ－114,9762
非ポリマー8052
水1629
1
A: PCP-C didomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8902
ポリマ－57,4881
非ポリマー4021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PCP-C didomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8902
ポリマ－57,4881
非ポリマー4021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.105, 105.474, 107.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PCP-C didomain / Non-ribosomal peptide synthase:Amino acid adenylation


分子量: 57487.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_1867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47NR9
#2: 化合物 ChemComp-YJI / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-{2-[(2-hydroxyethyl)sulfanyl]ethyl}-beta-alaninamide


分子量: 402.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C13H27N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→35.5 Å / Num. obs: 23809 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 4.68
反射 シェル解像度: 3.02→3.13 Å / Num. unique obs: 2268 / CC1/2: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→35.5 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1163 4.89 %
Rwork0.2028 --
obs0.2051 23774 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→35.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7904 0 48 9 7961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54711119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6381149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.02-3.160.35031670.28252682X-RAY DIFFRACTION96
3.16-3.330.31321640.27072723X-RAY DIFFRACTION98
3.33-3.530.29581080.25222818X-RAY DIFFRACTION98
3.53-3.810.27651080.23152840X-RAY DIFFRACTION99
3.81-4.190.25781900.20562789X-RAY DIFFRACTION99
4.19-4.80.22741380.17562862X-RAY DIFFRACTION99
4.8-6.040.24241240.19112917X-RAY DIFFRACTION100
6.04-35.50.19851640.16862980X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.221 Å / Origin y: 13.2822 Å / Origin z: -4.8718 Å
111213212223313233
T0.3342 Å20.0256 Å20.0396 Å2-0.4492 Å20.0149 Å2--0.297 Å2
L0.5445 °20.2949 °20.1988 °2-1.1725 °20.1511 °2--0.1927 °2
S-0.004 Å °-0.0178 Å °0.133 Å °0.1025 Å °-0.0542 Å °0.1442 Å °-0.0261 Å °-0.0304 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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