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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g3g | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52 | ||||||
![]() | DNA repair and recombination protein RAD52 | ||||||
![]() | RECOMBINATION / Recombination mediator protein / DNA repair / Apo structure / Decamer | ||||||
機能・相同性 | ![]() HDR through Single Strand Annealing (SSA) / meiotic joint molecule formation / double-strand break repair via single-strand annealing / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance via recombination / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand exchange activity ...HDR through Single Strand Annealing (SSA) / meiotic joint molecule formation / double-strand break repair via single-strand annealing / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance via recombination / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / nuclear chromosome / mitochondrial DNA repair / double-strand break repair via homologous recombination / mitochondrion / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Deveryshetty, J. / Basore, K. / Rau, M. / Fitzpatrick, J.A.J. / Antony, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Yeast Rad52 is a homodecamer and possesses BRCA2-like bipartite Rad51 binding modes. 著者: Jaigeeth Deveryshetty / Rahul Chadda / Jenna R Mattice / Simrithaa Karunakaran / Michael J Rau / Katherine Basore / Nilisha Pokhrel / Noah Englander / James A J Fitzpatrick / Brian Bothner / Edwin Antony / ![]() 要旨: Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher ...Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher how Rad52 functions using single-particle cryo-electron microscopy and biophysical approaches. We report that Rad52 is a homodecameric ring and each subunit possesses an ordered N-terminal and disordered C-terminal half. An intrinsic structural asymmetry is observed where a few of the C-terminal halves interact with the ordered ring. We describe two conserved charged patches in the C-terminal half that harbor Rad51 and RPA interacting motifs. Interactions between these patches regulate ssDNA binding. Surprisingly, Rad51 interacts with Rad52 at two different bindings sites: one within the positive patch in the disordered C-terminus and the other in the ordered ring. We propose that these features drive Rad51 nucleation onto a single position on the DNA to promote formation of uniform pre-synaptic Rad51 filaments in HR. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29695MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52476.496 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RAD52, YML032C / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Rad52 decamer / タイプ: COMPLEX 詳細: Full length yeast Rad52 expressed with chitin binding domain (CBD) tag. CBD was removed by thiol induced cleavage by intein. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 520 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 97 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 150000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 701962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C10 (10回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46845 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: Initial model was built de novo in ModelAngelo tool. the best-looking subunit was real space refined in Phenix, followed by manual building in Coot. Later C10 symmetry was applied, and real ...詳細: Initial model was built de novo in ModelAngelo tool. the best-looking subunit was real space refined in Phenix, followed by manual building in Coot. Later C10 symmetry was applied, and real space refined in Phenix. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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