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万見
- PDB-8g3g: CryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g3g
タイトルCryoEM structure of yeast recombination mediator Rad52
要素DNA repair and recombination protein RAD52
キーワードRECOMBINATION / Recombination mediator protein / DNA repair / Apo structure / Decamer
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through Single Strand Annealing (SSA) / double-strand break repair via single-strand annealing / meiotic joint molecule formation / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / DNA recombinase assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / telomere maintenance via recombination ...HDR through Single Strand Annealing (SSA) / double-strand break repair via single-strand annealing / meiotic joint molecule formation / DNA amplification / DNA/DNA annealing activity / DNA recombinase assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / mitotic recombination / DNA strand exchange activity / telomere maintenance via recombination / double-strand break repair via break-induced replication / DNA damage tolerance / mitochondrial DNA repair / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RAD52
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Deveryshetty, J. / Basore, K. / Rau, M. / Fitzpatrick, J.A.J. / Antony, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133967, GM130746 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Yeast Rad52 is a homodecamer and possesses BRCA2-like bipartite Rad51 binding modes.
著者: Jaigeeth Deveryshetty / Rahul Chadda / Jenna R Mattice / Simrithaa Karunakaran / Michael J Rau / Katherine Basore / Nilisha Pokhrel / Noah Englander / James A J Fitzpatrick / Brian Bothner / Edwin Antony /
要旨: Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher ...Homologous recombination (HR) is an essential double-stranded DNA break repair pathway. In HR, Rad52 facilitates the formation of Rad51 nucleoprotein filaments on RPA-coated ssDNA. Here, we decipher how Rad52 functions using single-particle cryo-electron microscopy and biophysical approaches. We report that Rad52 is a homodecameric ring and each subunit possesses an ordered N-terminal and disordered C-terminal half. An intrinsic structural asymmetry is observed where a few of the C-terminal halves interact with the ordered ring. We describe two conserved charged patches in the C-terminal half that harbor Rad51 and RPA interacting motifs. Interactions between these patches regulate ssDNA binding. Surprisingly, Rad51 interacts with Rad52 at two different bindings sites: one within the positive patch in the disordered C-terminus and the other in the ordered ring. We propose that these features drive Rad51 nucleation onto a single position on the DNA to promote formation of uniform pre-synaptic Rad51 filaments in HR.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: DNA repair and recombination protein RAD52
A: DNA repair and recombination protein RAD52
B: DNA repair and recombination protein RAD52
C: DNA repair and recombination protein RAD52
D: DNA repair and recombination protein RAD52
E: DNA repair and recombination protein RAD52
F: DNA repair and recombination protein RAD52
G: DNA repair and recombination protein RAD52
H: DNA repair and recombination protein RAD52
I: DNA repair and recombination protein RAD52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)524,76510
ポリマ－524,76510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Sedimentation velocity Mass Photometer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA repair and recombination protein RAD52


分子量: 52476.496 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: RAD52, YML032C / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P06778

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rad52 decamer / タイプ: COMPLEX
詳細: Full length yeast Rad52 expressed with chitin binding domain (CBD) tag. CBD was removed by thiol induced cleavage by intein.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 520 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 細胞内の位置: Nucleus
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pTXB1
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMN-2-hydroxyethylpiperazine-N-2-ethane sulfonic acidHEPES1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 97 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.2.0CTF補正Patch CTF estimation
7Coot0.9.3モデルフィッティング
11cryoSPARC3.2.0分類heterogeneous refinement
12cryoSPARC3.2.0３次元再構成
13PHENIXモデル精密化real space refinement
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 701962
対称性点対称性: C10 (10回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46845 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Initial model was built de novo in ModelAngelo tool. the best-looking subunit was real space refined in Phenix, followed by manual building in Coot. Later C10 symmetry was applied, and real ...詳細: Initial model was built de novo in ModelAngelo tool. the best-looking subunit was real space refined in Phenix, followed by manual building in Coot. Later C10 symmetry was applied, and real space refined in Phenix.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7789570
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.881000
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451060
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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