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- PDB-8g32: Pro-form of a CDCL short from E. anophelis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g32
タイトルPro-form of a CDCL short from E. anophelis
要素Thiol-activated cytolysin family protein
キーワードTOXIN (毒素) / pore-forming toxin (膜孔形成毒素) / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis
機能・相同性コレステロール依存性細胞溶解素 / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / コレステロール依存性細胞溶解素 / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thiol-activated cytolysin family protein
機能・相同性情報
生物種Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Johnstone, B.A. / Christie, M.P. / Morton, C.J. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP200102871 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pro-form of a CDCL short from E. anophelis
著者: Johnstone, B.A. / Christie, M.P. / Morton, C.J. / Tweten, R.K. / Parker, M.W.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-activated cytolysin family protein
B: Thiol-activated cytolysin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,87813
ポリマ－78,9882
非ポリマー89011
水7,170398
1
A: Thiol-activated cytolysin family protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, SAXS, cross-linking
  • 40.1 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0648
ポリマ－39,4941
非ポリマー5707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol-activated cytolysin family protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 39.8 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8145
ポリマ－39,4941
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.629, 171.629, 61.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiol-activated cytolysin family protein


分子量: 39494.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
遺伝子: JCR23_19030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T7HCZ8

-
非ポリマー , 7種, 409分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.4, 0.1 M sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→74.32 Å / Num. obs: 88308 / % possible obs: 98.02 % / 冗長度: 29.7 % / Biso Wilson estimate: 21.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2147 / Rpim(I) all: 0.03967 / Rrim(I) all: 0.2184 / Net I/σ(I): 13.61
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 8759 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.5924 / % possible all: 92.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX1.17_3644精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→74.32 Å / SU ML: 0.1494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.6565
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1799 1950 2.25 %
Rwork0.1617 84626 -
obs0.1621 86576 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→74.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 52 398 5423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01165173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0477032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.63991861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.25921330.27225638X-RAY DIFFRACTION92.54
1.9-1.950.25381270.22965743X-RAY DIFFRACTION93.81
1.95-2.010.21211340.1925832X-RAY DIFFRACTION95.39
2.01-2.070.16651360.17226002X-RAY DIFFRACTION97.55
2.07-2.140.18921390.15975995X-RAY DIFFRACTION97.96
2.14-2.230.16961390.14936062X-RAY DIFFRACTION98.62
2.23-2.330.18851390.15326060X-RAY DIFFRACTION98.52
2.33-2.450.17261420.15246106X-RAY DIFFRACTION99.17
2.45-2.610.20461440.1546094X-RAY DIFFRACTION99.28
2.61-2.810.17571360.16236142X-RAY DIFFRACTION99.59
2.81-3.090.17041420.15526181X-RAY DIFFRACTION99.87
3.09-3.540.15311430.15336167X-RAY DIFFRACTION99.95
3.54-4.460.15611470.13736234X-RAY DIFFRACTION100
4.46-74.320.19331490.176370X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99719569417-1.13354937061-0.2532089385952.692752125941.200261029531.523348948780.1903024765120.074944136891-0.154581019853-0.271633958183-0.2477716757940.178892509346-0.04878848894630.1997246453230.1016765949920.1368435830330.04042106906810.03894492352230.2402753422980.02837944645170.10924816894133.204191565574.5165377901-0.138182073105
20.731028990874-0.8266516342550.09972504547493.63205566294-0.2296822571220.892720455524-0.003396209781380.0454477947384-0.0240357059326-0.167201538741-0.035689878507-0.1465984195080.04883261206590.148727056090.03740520795590.1151501997270.0279966888442-0.003621658917320.200691804904-0.006898998840340.15539598293327.751819757971.320413986313.0750563902
31.91210167185-0.9661079571740.9290875392072.26842113021-1.00821451732.44560694793-0.191839387255-0.252062044503-0.03303009851110.4440560051330.1682555043740.00602531525357-0.121470645888-0.01853377115810.02374415996490.1818420323540.04088415162470.01773423864740.1997726115812.18366629691E-50.13359615017822.700730682571.926576254528.5631396825
40.924309837319-0.506155163350.01096015634930.927931623759-0.1299259176130.9867610248960.04822015422450.106889044795-0.078704033062-0.104669425401-0.05798358430780.07658734876410.04094562298610.01710658378620.0005405930987110.1249430271750.0157613073251-0.01970293809210.148305220414-0.02898053217320.12351704467318.402612330676.11082202517.79257271138
52.818123505581.472227328950.1339826974242.0869372664-0.1881815271961.427393050230.0732485754828-0.211063617533-0.03899907853650.299792637695-0.164353965381-0.5642958705170.1611547075390.423477633470.05795446411090.2385335049010.0684524078085-0.06268264198220.2614852491060.01059932363680.38277283298233.906190382597.759694378215.0433955183
64.231308945971.831866163420.7550816053911.817293872160.9209901358413.417927504130.0596039695768-0.0163369246890.335069602349-0.04152922681190.0140280832622-0.767124049809-0.252619939140.511751496669-0.05849781834810.2305113217110.003980648015190.04850909998990.2990756291380.03365108673940.67249060632343.1987169363112.7784844764.83221256444
72.06100267330.628472276514-1.823997865392.79446574381-1.520415249544.912666311920.03371173728510.2115313798150.245567249328-0.30210035434-0.0420929812316-0.3100024584940.01261529562670.03195981107090.02686696658580.1838848333930.06571024788380.04123992867950.1227989185810.02093191331170.27309020630927.7012086654106.0716922313.81689213249
81.778497690390.376424256491-0.4192869503691.59520188848-0.601571201222.388364884480.0750382312501-0.3232973526470.3003824854650.381320188839-0.101855707334-0.363646809538-0.2750908932760.383715403702-0.04351104748980.278591300535-0.00978090468901-0.07899054825610.212544851956-0.05145116256910.34388992928929.5478266947107.6448977321.6037990003
91.20957269509-0.109526033602-0.1910358646211.36397260569-0.1698518562961.101850958940.05410981425560.01726832023780.2298460760690.125934819826-0.00245264416235-0.150006790646-0.1158638446540.0296206116323-0.06892477433960.1739490787110.01777113158210.002934815336370.110811664096-0.02431258234710.16948015869517.770115483107.30968275916.0271045356
101.64328795479-0.127455872038-0.678416584360.6772372983420.2439800643231.940872038450.0899408270255-0.229205957831-0.006569765960160.0625703579388-0.028806741318-0.5537978578160.2410773711060.479768157239-0.02443796780060.2010825292880.0186659510542-0.06022857477090.2312080795690.01966550809740.45463383213236.3896962644106.13741502910.4914775978
111.93749658506-0.6932132005581.431834452230.447183026278-0.6953548272182.82405279519-0.1480231289270.2752873786690.372874049171-0.0899274398799-0.0473191856442-0.878294836766-0.340827940351.072111859170.196698705020.337360529758-0.09147683681020.06193240401660.923825223909-0.08864142412551.2171739877157.7944022735112.3296858347.2167659345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 179 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 180 through 377 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 38 through 105 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 155 through 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 189 through 238 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 260 through 342 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 343 through 377 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 239 through 259 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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