+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g32 | |||||||||
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Title | Pro-form of a CDCL short from E. anophelis | |||||||||
Components | Thiol-activated cytolysin family protein | |||||||||
Keywords | TOXIN / pore-forming toxin / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis | |||||||||
Function / homology | Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thiol-activated cytolysin family protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis Ag1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Johnstone, B.A. / Christie, M.P. / Morton, C.J. / Parker, M.W. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Distant relatives of a eukaryotic cell-specific toxin family evolved a complement-like mechanism to kill bacteria. Authors: Abrahamsen, H.L. / Sanford, T.C. / Collamore, C.E. / Johnstone, B.A. / Coyne, M.J. / Garcia-Bayona, L. / Christie, M.P. / Evans, J.C. / Farrand, A.J. / Flores, K. / Morton, C.J. / Parker, M. ...Authors: Abrahamsen, H.L. / Sanford, T.C. / Collamore, C.E. / Johnstone, B.A. / Coyne, M.J. / Garcia-Bayona, L. / Christie, M.P. / Evans, J.C. / Farrand, A.J. / Flores, K. / Morton, C.J. / Parker, M.W. / Comstock, L.E. / Tweten, R.K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8g32.cif.gz | 459.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8g32.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8g32.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8g32_validation.pdf.gz | 478 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8g32_full_validation.pdf.gz | 482.9 KB | Display | |
Data in XML | 8g32_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8g32_validation.cif.gz | 41.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/8g32 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39494.047 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis Ag1 (bacteria) Gene: JCR23_19030 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A7T7HCZ8 |
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-Non-polymers , 7 types, 409 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 297.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.4, 0.1 M sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 7, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→74.32 Å / Num. obs: 88308 / % possible obs: 98.02 % / Redundancy: 29.7 % / Biso Wilson estimate: 21.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2147 / Rpim(I) all: 0.03967 / Rrim(I) all: 0.2184 / Net I/σ(I): 13.61 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.916 Å / Redundancy: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 8759 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.5924 / % possible all: 92.83 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→74.32 Å / SU ML: 0.1494 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 17.6565 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→74.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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