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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g2t | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE KPC-2 D179N VARIANT IN COMPLEX WITH RELEBACTAM (IMINE HYDROLYSIS INTERMEDIATE) | ||||||
要素 | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
キーワード | HYDROLASE/Inhibitor / Beta-lactamase / inhibitor / antibiotic resistance / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Alsenani, T. / van den Akker, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2023 タイトル: Exploring avibactam and relebactam inhibition of Klebsiella pneumoniae carbapenemase D179N variant: role of the Omega loop-held deacylation water. 著者: Alsenani, T.A. / Viviani, S.L. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g2t.cif.gz | 132.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g2t.ent.gz | 99.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/8g2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/8g2t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8g2rC 2ov5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28175.754 Da / 分子数: 1 / 変異: D179N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-YOZ / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES pH 8.0 and 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→29.63 Å / Num. obs: 66874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.29 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4781 / CC1/2: 0.931 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OV5 解像度: 1.26→27.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.705 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.26→27.76 Å
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拘束条件 |
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