PDB-8g2p: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound ATP and GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g2p

タイトル

Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound ATP and GTP

要素

Cyclic GMP-AMP synthase
Palindromic DNA18

キーワード

TRANSFERASE/DNA / Transferase-DNA complex / cGAS / substrates-bound / IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.521 Å

データ登録者

Wu, S. / Sohn, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound ATP and GTP
著者: Wu, S. / Sohn, J.

履歴

登録	2023年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

C: Cyclic GMP-AMP synthase

E: Palindromic DNA18

F: Palindromic DNA18

I: Palindromic DNA18

J: Palindromic DNA18

ヘテロ分子

110 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.219, 99.102, 141.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A
13	7	A
14	7	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	149 - 507
2	1	1	A	149 - 507
3	2	2	A	1 - 18
4	2	2	A	1 - 18
5	3	3	A	1 - 18
6	3	3	A	1 - 18
7	4	4	A	1 - 18
8	4	4	A	1 - 18
9	5	5	A	1 - 18
10	5	5	A	1 - 18
11	6	6	A	1 - 18
12	6	6	A	1 - 18
13	7	7	A	1 - 18
14	7	7	A	1 - 18

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42639.266 Da / 分子数: 2 / 変異: D307N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / プラスミド: nHMT mCAT WT 詳細 (発現宿主): His6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3)* (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase
#2: DNA鎖	Palindromic DNA18 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1

分子量: 42639.266 Da / 分子数: 2 / 変異: D307N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / プラスミド: nHMT mCAT WT
詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase

#2: DNA鎖

Palindromic DNA18

分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 123分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: polarizes nicely
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日

放射

モノクロメーター: horizontal bounce Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.52→29.78 Å / Num. obs: 37823 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.09-29.76	6	0.027	871	0.999	0.017	0.032
2.52-2.62	6.7	0.696	4211	0.785	0.429	0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210205	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
Coot	0.9.6	モデル構築
REFMAC	5.8.0403	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.521→29.773 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 19.492 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	1898	5.026 %
R_work	0.1899	35867	-
all	0.192	-	-
obs	-	37765	99.473 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.157 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.639 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.796 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.521→29.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5738	1464	130	115	7447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	7716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	6593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.694	10624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.491	1.573	15329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.851	5	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.346	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.375	5	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.865	10	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.179	10	275
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	5893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.43	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_paralell_plane_angle_deg	5.656	1.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.93	3.343	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.928	3.344	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.582	5.997	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.582	5.998	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.489	3.898	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.488	3.899	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.185	6.995	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.184	6.995	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.41	62.337	16208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.41	62.341	16206
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.125	0.05	10800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.115	0.05	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.15	0.05	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.121	0.05	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.136	0.05	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.106	0.05	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.124	0.05	1516

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12493	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12493	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11465	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11465	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14988	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14988	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12108	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12108	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13622	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13622	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10639	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10639	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12368	0.05008
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12368	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.521-2.586	0.327	126	0.258	2483	0.261	2756	0.935	0.955	94.6662	0.244
2.586-2.657	0.294	149	0.25	2512	0.253	2661	0.948	0.961	100	0.237
2.657-2.733	0.309	118	0.235	2493	0.238	2611	0.942	0.968	100	0.216
2.733-2.816	0.268	126	0.222	2407	0.224	2533	0.957	0.972	100	0.201
2.816-2.908	0.278	118	0.222	2345	0.225	2463	0.953	0.971	100	0.199
2.908-3.009	0.296	119	0.234	2284	0.238	2403	0.943	0.966	100	0.211
3.009-3.121	0.268	128	0.218	2145	0.221	2275	0.952	0.97	99.9121	0.196
3.121-3.247	0.259	99	0.21	2124	0.212	2223	0.956	0.974	100	0.192
3.247-3.39	0.242	101	0.195	2048	0.197	2150	0.963	0.977	99.9535	0.181
3.39-3.553	0.217	107	0.191	1930	0.193	2037	0.972	0.98	100	0.181
3.553-3.742	0.249	114	0.189	1832	0.193	1947	0.959	0.98	99.9486	0.18
3.742-3.965	0.205	91	0.181	1778	0.182	1869	0.97	0.981	100	0.173
3.965-4.234	0.203	99	0.171	1636	0.173	1735	0.973	0.983	100	0.167
4.234-4.565	0.228	91	0.153	1547	0.157	1638	0.971	0.986	100	0.153
4.565-4.989	0.23	70	0.157	1441	0.161	1511	0.972	0.985	100	0.16
4.989-5.559	0.219	67	0.177	1327	0.179	1396	0.973	0.983	99.8567	0.179
5.559-6.382	0.279	68	0.198	1157	0.203	1225	0.962	0.981	100	0.2
6.382-7.728	0.228	46	0.189	1022	0.19	1068	0.973	0.982	100	0.195
7.728-10.578	0.185	35	0.129	826	0.131	862	0.982	0.991	99.884	0.146
10.578-29.773	0.237	26	0.205	530	0.206	557	0.967	0.973	99.8205	0.23

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6524	0.939	0.2584	3.3945	0.1081	1.8034	-0.0152	0.2143	-0.2757	-0.2952	-0.0125	0.2937	0.2385	-0.2302	0.0277	0.0862	-0.0294	-0.0198	0.0554	-0.0418	0.083	5.349	-27.37	-20.176
2	2.8981	1.1846	-0.0727	3.649	-0.6984	2.013	-0.1302	0.3447	0.341	-0.202	0.0717	-0.3132	-0.3352	0.2605	0.0585	0.1254	-0.0699	-0.0153	0.0785	0.0516	0.1237	33.647	8.134	-19.032
3	5.2463	1.3927	-2.1887	2.7922	2.2676	5.6934	0.0438	1.1623	0.0997	-0.761	0.3285	0.0044	-0.2373	0.0926	-0.3723	0.5937	0.2711	-0.1147	0.4701	-0.0911	0.1107	29.194	-23.393	-31.668
4	3.7502	0.2668	-1.6326	3.7874	-0.7782	7.5703	0.3586	0.832	0.0738	-0.6316	-0.1229	-0.072	-0.4075	0.5848	-0.2357	0.2522	0.0448	0.0641	0.3293	-0.0461	0.1317	29.827	-23.897	-32.254
5	5.6478	1.9756	2.8962	6.3841	-1.5928	2.8357	0.0393	-0.526	0.4343	0.1702	0.0724	0.3642	-0.0964	-0.5632	-0.1116	0.1917	0.1792	0.0102	0.3364	0.1691	0.4052	8.336	8.636	-17.993
6	6.9224	0.5709	0.795	7.8019	1.6506	4.5639	0.0927	-0.8456	0.5277	0.3083	0.2356	0.4908	0.1393	-0.542	-0.3284	0.2834	-0.003	-0.1004	0.2611	0.0955	0.2601	8.784	6.859	-18.597

精密化 TLSグループ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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