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- PDB-8g2k: Structure of the H3 hemagglutinin of A/California/7/2004 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g2k
タイトルStructure of the H3 hemagglutinin of A/California/7/2004
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / antigen / homotrimer / native
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Alphainfluenzavirus influenzae (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Venkatramani, L. / Mooers, B.H.M. / Air, G.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)NIH 2P20GM103640
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM145423 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 CA225520 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the H3 hemagglutinin of A/California/7/2004
著者: Venkatramani, L. / Mooers, B.H.M. / Air, G.M.
履歴
登録2023年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,85210
ポリマ－55,1082
非ポリマー2,7458
水2,162120
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,55730
ポリマ－165,3236
非ポリマー8,23424
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area43030 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area60400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.199, 101.199, 384.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 35256.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Alphainfluenzavirus influenzae (インフルエンザウイルス)
株: A/California/7/2004 / 参照: UniProt: A4GXY4
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 19851.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Alphainfluenzavirus influenzae (インフルエンザウイルス)
株: A/California/7/2004 / 参照: UniProt: A3DRV6

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 120分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 200 mM KCl and 50 mM HEPES (pH 7.5 adjusted with KOH).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→34.25 Å / Num. obs: 31998 / % possible obs: 99.55 % / Observed criterion σ(F): 6 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 48.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 22.4 / Net I/σ(I): 19.94
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 9617 / Rpim(I) all: 0.794 / Rrim(I) all: 0.348 / Rsym value: 0.83 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
MOSFLM1.0.7データ削減
SCALA2.1データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→34.25 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 1638 5.12 %
Rwork0.197 --
obs0.1988 31992 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 179 120 4169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6815641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0171551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.420.32191330.26082361X-RAY DIFFRACTION95
2.42-2.50.26111280.24542498X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.28661290.23432519X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.690.27391380.23222488X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.810.25161250.24542534X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.960.27611390.23062520X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.150.26921300.21772532X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.390.25451410.21392520X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.730.25671560.19752529X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.270.20061520.16722547X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.370.16931390.15152582X-RAY DIFFRACTION100
5.38-7.430.22181280.19892724X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31620.19211.43741.75222.72054.7104-0.00450.01720.1721-0.17290.0510.0854-0.5789-0.56410.06610.40180.05730.07950.27370.02910.5496-5.17917.389106.418
22.213-0.7098-0.07281.4977-0.09323.97970.33460.76240.5436-0.5805-0.0218-0.0893-0.5220.0275-0.23710.7375-0.0090.15790.67460.17230.61066.14825.09856.759
31.31591.6384-0.6472.0098-0.59494.36640.17850.67610.2056-0.52960.0648-0.24670.15831.0932-0.24150.82210.06780.27011.11040.09630.575716.33117.77641.77
42.3987-0.61940.12252.4372-1.03223.0548-0.01330.86620.144-0.68120.1859-0.0891-0.403-0.1772-0.18841.0192-0.00130.18991.13630.02830.49711.02113.60334.401
51.62090.5435-0.24281.86730.25325.22190.00810.53980.0084-0.48440.1795-0.1951-0.10170.5739-0.21750.6798-0.02670.16720.67720.10090.578811.63617.86151.073
61.7761-0.0444-2.23937.3016-4.56067.44660.37310.20450.23470.13670.16280.0988-0.89860.1672-0.37710.4835-0.04480.15640.35120.04580.46972.37121.32675.003
71.2981-0.1124-0.48941.2056-0.282.5849-0.02370.15920.2598-0.0020.05350.0134-0.3903-0.7752-0.12710.35570.07270.05080.3050.03530.5198-4.70315.70392.563
84.7539-4.3271-3.11124.56851.03157.51220.82570.6808-1.55070.1734-0.6762-0.1146-0.1225-0.3849-0.10190.38190.01070.0060.4314-0.03820.6713-6.057.923113.733
97.5501-2.3131-3.5474.77810.30443.3554-0.0317-0.2716-0.35450.4177-0.15410.0972-0.7651-0.35260.00160.44120.03090.02530.3652-0.07810.484-2.35821.277113.937
106.10.0066-1.36635.01923.35629.2685-0.5975-1.04610.14770.4716-0.3570.5505-0.47390.05440.89690.54110.00670.00830.2356-0.10520.4690.34523.003128.405
112.0082-1.1095-2.15911.57552.51015.0575-0.0149-0.07360.12120.1479-0.01960.171-0.32511.0996-0.01180.3701-0.08730.06170.2462-0.06120.55877.0216.575107.406
122.7789-1.9836-0.97892.69090.65880.5390.1965-0.11660.19110.1358-0.49160.12520.92670.61710.14110.7095-0.23620.12160.5406-0.00020.67819.64313.29975.596
130.83390.12621.20240.83211.33447.4424-0.00290.18150.1431-0.11930.04140.0223-0.43350.1663-0.00890.344-0.00330.0320.28270.03260.4831-1.7297.3388.278
142.8210.51690.95235.003-0.98935.81790.1529-0.26970.15070.301-0.1363-0.1824-0.03630.0659-0.05540.423-0.0205-0.00240.3586-0.12180.47484.21712.567134.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:41 )A8 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 42:104 OR RESID 401:401 ) )A42 - 104
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 42:104 OR RESID 401:401 ) )A401
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 105:135 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A105 - 135
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 105:135 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A402
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 105:135 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A403
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 136:246 )A136 - 246
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 247:274 )A247 - 274
9X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 275:304 )A275 - 304
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 305:325 )A305 - 325
11X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1:10 )B1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 11:22 )B11 - 22
13X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 23:30 )B23 - 30
14X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 31:55 )B31 - 55
15X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 56:65 )B56 - 65
16X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 66:126 )B66 - 126
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND ( RESID 127:173 OR RESID 201:201 ) )B127 - 173
18X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND ( RESID 127:173 OR RESID 201:201 ) )B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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