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万見
- PDB-8g28: Crystal Structure of the C-terminal Fragment of AAA ATPase from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g28
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Fragment of AAA ATPase from Streptococcus pneumoniae.
要素ATPase, AAA family
キーワードHYDROLASE / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / AAA ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MgsA AAA+ ATPase C-terminal / AAA C-terminal domain / MgsA AAA+ ATPase C terminal / AAA C-terminal domain / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase, AAA family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the C-terminal Fragment of AAA ATPase from Streptococcus pneumoniae.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase, AAA family
B: ATPase, AAA family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4493
ポリマ－95,4142
非ポリマー351
水5,765320
1
A: ATPase, AAA family
B: ATPase, AAA family
ヘテロ分子

A: ATPase, AAA family
B: ATPase, AAA family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,8986
ポリマ－190,8274
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area8140 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.532, 71.532, 151.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-731-

HOH

21A-744-

HOH

31B-653-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ATPase, AAA family


分子量: 47706.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was hydrolyzed during the crystallization experiment.
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_1790 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic / 参照: UniProt: A0A0H2URL5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 5.6 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Classics II (F12), 0.2M Sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月28日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 57219 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.4 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 1.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2800 / CC1/2: 0.731 / CC star: 0.919 / Rpim(I) all: 0.331 / Rsym value: 1.512 / Χ2: 1.005 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→29.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.12 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.143 2879 5.1 %RANDOM
Rwork0.1202 ---
obs0.1213 54123 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.3 Å2 / Biso mean: 16.748 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→29.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 2 372 1962
Biso mean--23.46 31.42 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.6382650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3461.5844401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3375266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.35521.53891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.94315331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8471515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0580.022283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0530.02419
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.78533836
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 217 -
Rwork0.234 3895 -
all-4112 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.69442.1974-0.98941.6049-1.55552.3096-0.02480.0847-0.2034-0.1377-0.0307-0.08940.27540.16470.05550.08050.05220.02360.08050.00930.082965.6548.49113.016
25.44482.32960.56586.326-1.73232.5057-0.0227-0.35490.06560.0901-0.1052-0.36690.09820.3290.12790.01330.0326-0.01290.12110.00150.072468.93611.66621.056
32.8104-0.82460.79571.27620.60483.6022-0.05720.0010.09570.00630.0992-0.22390.00030.3496-0.0420.0025-0.00090.00010.0469-0.00150.052564.89618.25710.432
41.54021.11770.72971.88851.3983.1547-0.0128-0.04010.0615-0.025-0.0149-0.0473-0.05070.00840.02770.00340.0014-0.00190.01430.00980.028455.70521.81411.541
50.59370.0015-0.15910.42260.3091.7091-0.0164-0.0715-0.02410.00810.0299-0.09120.05360.0964-0.01350.0198-0.0014-0.00540.03130.00870.046659.20617.3514.532
61.15510.6075-3.4611.1471-1.683710.415-0.05360.05060.0078-0.0960.07950.05330.1457-0.0761-0.02590.0753-0.01270.01520.2056-0.02210.054661.97217.475-16.032
73.6658-0.4382-1.17572.40070.32.01170.11330.38390.115-0.2201-0.09060.0761-0.0334-0.1035-0.02260.02580.0021-0.00620.10290.02190.009952.00128.142-12.932
812.2722.21770.21394.37481.5282.37570.02150.3050.1441-0.07190.0659-0.1945-0.1456-0.1116-0.08750.01980.00290.01590.06460.01560.031962.92526.65-11.954
93.1428-0.8928-1.01041.73880.29620.99790.05010.1310.1359-0.0936-0.0273-0.0957-0.0657-0.022-0.02290.0125-0.00510.00850.02470.01140.027453.20934.44-3.573
103.1648-1.5876-0.47941.20930.51950.6685-0.1162-0.08910.06020.03260.1087-0.0348-0.05610.08910.00760.0176-0.0050.00850.04050.00330.04757.2728.0453.752
111.3636-1.40650.00971.88070.16720.4751-0.00630.0904-0.0607-0.0587-0.02860.0668-0.05710.01410.03490.0179-0.0140.00170.02750.00230.024449.42129.118-3.11
126.1343-1.31422.854614.64072.32534.3903-0.06220.1410.3537-0.97440.04190.0689-0.50590.06440.02030.2353-0.0225-0.0230.01420.02310.05140.33653.586-4.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A238 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2A259 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3A271 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4A286 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5A306 - 337
6X-RAY DIFFRACTION6A338 - 345
7X-RAY DIFFRACTION7B241 - 261
8X-RAY DIFFRACTION8B262 - 269
9X-RAY DIFFRACTION9B270 - 289
10X-RAY DIFFRACTION10B290 - 311
11X-RAY DIFFRACTION11B312 - 337
12X-RAY DIFFRACTION12B338 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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