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- PDB-8g21: Reelin C-Terminal Region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g21
タイトルReelin C-Terminal Region
要素Reelin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Alzheimers disease / GAG interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic activity / interneuron migration ...: / : / spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic activity / interneuron migration / postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of CREB transcription factor activity / ventral spinal cord development / Reelin signalling pathway / regulation of behavior / positive regulation of synapse maturation / reelin-mediated signaling pathway / layer formation in cerebral cortex / receptor localization to synapse / glial cell differentiation / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / protein localization to synapse / NMDA glutamate receptor clustering / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of NMDA receptor activity / regulation of neuron differentiation / response to pain / dendrite development / associative learning / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of protein kinase activity / long-term memory / serine-type peptidase activity / extracellular matrix / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / axon guidance / positive regulation of long-term synaptic potentiation / hippocampus development / central nervous system development / long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / neuron migration / brain development / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / dendrite / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reelin / Reeler domain / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Sialidase superfamily / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...Reelin / Reeler domain / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Sialidase superfamily / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / na
データ登録者Chandrahas, A.S. / Marino, C. / Arboleda-Velasquez, J.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)UH3 NS100121 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1 NS110048 米国
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2023
タイトル: Resilience to autosomal dominant Alzheimer's disease in a Reelin-COLBOS heterozygous man.
著者: Lopera, F. / Marino, C. / Chandrahas, A.S. / O'Hare, M. / Villalba-Moreno, N.D. / Aguillon, D. / Baena, A. / Sanchez, J.S. / Vila-Castelar, C. / Ramirez Gomez, L. / Chmielewska, N. / ...著者: Lopera, F. / Marino, C. / Chandrahas, A.S. / O'Hare, M. / Villalba-Moreno, N.D. / Aguillon, D. / Baena, A. / Sanchez, J.S. / Vila-Castelar, C. / Ramirez Gomez, L. / Chmielewska, N. / Oliveira, G.M. / Littau, J.L. / Hartmann, K. / Park, K. / Krasemann, S. / Glatzel, M. / Schoemaker, D. / Gonzalez-Buendia, L. / Delgado-Tirado, S. / Arevalo-Alquichire, S. / Saez-Torres, K.L. / Amarnani, D. / Kim, L.A. / Mazzarino, R.C. / Gordon, H. / Bocanegra, Y. / Villegas, A. / Gai, X. / Bootwalla, M. / Ji, J. / Shen, L. / Kosik, K.S. / Su, Y. / Chen, Y. / Schultz, A. / Sperling, R.A. / Johnson, K. / Reiman, E.M. / Sepulveda-Falla, D. / Arboleda-Velasquez, J.F. / Quiroz, Y.T.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reelin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2261
ポリマ－4,2261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Reelin


分子量: 4225.879 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal residues 3429-3460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RELN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78509, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11H TOCSY
121isotropic11H NOESY
131isotropic12D 1H-15N
141isotropic12D 1H-13C

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 3.3 mM [U-98% 15N] Reelin CTR, 50 % v/v THF (CF3-CD2-OH), 0.25 mM DSS (4,4-dimethyl-4-silapentane-1-sulfonic acid), 50% H2O/50% D2O
詳細: 50% (V/V) H2O, 50% (V/V) THF (CF3-CD2-OH), 0.25 mM DSS (4,4-dimethyl-4-silapentane-1-sulfonic acid), ~3.3 mM reelin peptide
Label: Reelin CTR / 溶媒系: 50% H2O/50% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3.3 mMReelin CTR[U-98% 15N]1
50 % v/vTHF (CF3-CD2-OH)natural abundance1
0.25 mMDSS (4,4-dimethyl-4-silapentane-1-sulfonic acid)natural abundance1
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: standard conditions / pH: 7.4 / Pressure units: Pa / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Direct Drive / 製造業者: Agilent / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2.1Brunger A. T. et.al.精密化
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
PyMOL2.5.4Schrodinger and DeLanoデータ解析
CNS1.2.1Brunger A. T. et.al.structure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 best structures superimposed on backbone atoms (N,CA,C,O)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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