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- PDB-8g1y: Crystal Structure of the Threonine Synthase from Streptococcus pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g1y
タイトルCrystal Structure of the Threonine Synthase from Streptococcus pneumoniae in complex with Pyridoxal 5-phosphate.
要素Threonine synthase
キーワードLYASE / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / threonine synthase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine synthase / threonine synthase activity
類似検索 - 分子機能
Threonine synthase, N-terminal / Threonine synthase, N-terminal domain superfamily / Threonine synthase N terminus / Threonine synthase-like / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Threonine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Threonine Synthase from Streptococcus pneumoniae in complex with Pyridoxal 5-phosphate.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine synthase
B: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,72320
ポリマ－109,1162
非ポリマー1,60818
水19,0241056
1
A: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,50412
ポリマ－54,5581
非ポリマー94611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2198
ポリマ－54,5581
非ポリマー6617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.464, 81.413, 139.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Threonine synthase


分子量: 54557.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: thrC, SP_2066 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21 Magic / 参照: UniProt: A0A0H2US33, threonine synthase

-
非ポリマー , 6種, 1074分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1056 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 8.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 2mM PLP; Screen: Classics II (B11), 2.1M DL-Malic acid pH 7.0; Cryo: 25% glycerol in screen solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月29日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→30 Å / Num. obs: 167626 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.336 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8061 / CC1/2: 0.792 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.434 / Rrim(I) all: 0.96 / Rsym value: 0.853 / Χ2: 1.003 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.43→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.33 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 8365 5 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
obs0.1578 159092 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.94 Å2 / Biso mean: 16.724 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20.02 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7592 0 99 1113 8804
Biso mean--27.97 30.59 -
残基数----991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.64711327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3731.57818173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.09551090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.34325.135370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.198151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4131518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0560.029672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0510.021782
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 520 -
Rwork0.297 11317 -
all-11837 -
obs--90.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42820.095-0.01190.7784-0.0610.6991-0.0069-0.0155-0.05510.0250.01650.04190.0899-0.0743-0.00960.0319-0.00940.00530.01090.00380.011710.533374.540619.1304
20.6691-0.4470.09730.7827-0.12610.39880.0365-0.0015-0.0328-0.0176-0.04970.00220.00330.05030.01310.0502-0.00980.00060.02770.00810.004627.520975.940120.8943
30.4310.17060.04630.87540.18550.6515-0.02450.0836-0.0127-0.11490.00950.01030.00960.01610.0150.062-0.0008-0.00090.0178-0.00230.001221.006384.25751.9618
41.12320.080.26340.5388-0.0620.55990.00710.0210.12570.0312-0.0331-0.0989-0.09920.05960.02590.0725-0.0241-0.00210.01070.00770.037733.144498.696315.0287
50.8674-0.9382-0.34553.55480.42230.85990.0471-0.00090.07940.159-0.0159-0.3430.00620.1409-0.03120.02060.0005-0.01760.08540.02570.042542.358875.249623.857
60.35410.18780.06351.452-0.26990.4788-0.0225-0.0042-0.0908-0.04550.0192-0.08030.10910.05930.00340.04280.01510.01630.02220.0040.028227.269849.96654.5029
70.81360.42390.10840.61860.0770.32930.01230.0363-0.0726-0.0486-0.0347-0.01810.0127-0.01250.02230.0525-0.00050.00290.0172-0.00890.011212.158252.580647.8331
80.4863-0.1540.11580.8787-0.20660.5856-0.0268-0.0843-0.00280.09470.0112-0.0052-0.0074-0.01750.01560.0481-0.00110.00290.01540.00020.001115.496862.741166.2599
90.7126-0.1147-0.00230.44080.02540.36130.01670.03120.0978-0.01-0.02980.1136-0.0469-0.05350.0130.05580.0115-0.00350.020100.05532.366971.882951.1099
102.9077-0.003-0.52143.21330.77941.17020.0701-0.0199-0.0863-0.0505-0.07840.02070.08460.11450.00830.0643-0.0369-0.00740.0808-0.00160.0617-4.782138.574150.5571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3A260 - 380
4X-RAY DIFFRACTION4A381 - 453
5X-RAY DIFFRACTION5A454 - 494
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 50
7X-RAY DIFFRACTION7B51 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8B260 - 393
9X-RAY DIFFRACTION9B394 - 473
10X-RAY DIFFRACTION10B474 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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