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- PDB-8g1n: Structure of Campylobacter concisus PglC I57M/Q175M Variant with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g1n
タイトルStructure of Campylobacter concisus PglC I57M/Q175M Variant with modeled C-terminus
要素N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / phosphoglycosyl transferase / reentrant membrane helix
機能・相同性undecaprenyl phosphate N,N'-diacetylbacillosamine 1-phosphate transferase / N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase activity / Bacterial sugar transferase / Bacterial sugar transferase / membrane => GO:0016020 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / PHOSPHATE ION / N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
機能・相同性情報
生物種Campylobacter concisus 13826 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Dodge, G.J. / Ray, L.C. / Das, D. / Imperiali, B. / Allen, K.N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131627 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM039334 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134576 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Co-conserved sequence motifs are predictive of substrate specificity in a family of monotopic phosphoglycosyl transferases.
著者: Anderson, A.J. / Dodge, G.J. / Allen, K.N. / Imperiali, B.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2023年5月31日ID: 5W7L
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
B: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6248
ポリマ－46,9032
非ポリマー1,7226
水36020
1
A: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4575
ポリマ－23,4511
非ポリマー1,0054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1683
ポリマ－23,4511
非ポリマー7162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.802, 70.802, 188.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N,N'-diacetylbacilliosaminyl-1-phosphate transferase


分子量: 23451.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter concisus 13826 (カンピロバクター)
遺伝子: pglC, CCC13826_0450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A7ZET4, undecaprenyl phosphate N,N'-diacetylbacillosamine 1-phosphate transferase

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Bis-Tris 0.1 M, magnesium chloride hexahydrate 0.4 M, PEG 3350 23%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月19日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→62.814 Å / Num. obs: 27735 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 68.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.74→2.87 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.033 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1941 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.434

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.74→62.81 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2969 723 5 %
Rwork0.2585 --
obs0.2604 14453 95.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→62.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 58 20 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4754372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3611244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.950.36341120.29992530X-RAY DIFFRACTION90
2.95-3.250.3281620.28152630X-RAY DIFFRACTION95
3.25-3.720.34971510.2912739X-RAY DIFFRACTION97
3.72-4.680.28211420.23592836X-RAY DIFFRACTION99
4.69-62.810.26761560.25012995X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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