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- PDB-8g0w: Crystal structure of human norovirus GII.4 P domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g0w

タイトル

Crystal structure of human norovirus GII.4 P domain in complex with Nanobody M4

要素

Nanobody M4
VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / nanobody / GII.4 / M4 / capsid

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / virion component / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / host cell cytoplasm / VP1

機能・相同性情報

生物種

Norovirus (ウイルス)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Hu, L. / Salmen, W. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human norovirus GII.4 P domain in complex with Nanobody M4
著者: Hu, L. / Salmen, W. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V.

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g0w.cif.gz	770.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g0w.ent.gz	530.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jieS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

C: Nanobody M4

D: Nanobody M4

E: VP1

F: VP1

G: Nanobody M4

H: Nanobody M4

190 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: VP1

B: VP1

C: Nanobody M4

D: Nanobody M4

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: VP1

F: VP1

G: Nanobody M4

H: Nanobody M4

登録者が定義した集合体
95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.511, 90.675, 107.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質	VP1 分子量: 34505.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LM89
#2: 抗体	Nanobody M4 分子量: 13010.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2% v/v Tacsimate TM pH 4.0, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→48.82 Å / Num. obs: 41417 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.33 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.154 / R_pim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.87→2.99 Å / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4625 / CC_1/2: 0.875 / R_pim(I) all: 0.33 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JIE

7jie

解像度: 2.87→48.82 Å / SU ML: 0.4413 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7685
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	2006	4.85 %
R_work	0.2505	39338	-
obs	0.2526	41344	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→48.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12810	0	0	2	12812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	13130
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5503	17897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0416	1979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7823	1785

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.87-2.94	0.3888	139	0.3359	2767	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.94-3.02	0.3676	159	0.3241	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.02-3.11	0.3729	134	0.3127	2786	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.11-3.21	0.3208	134	0.2903	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.29
3.21-3.33	0.3848	149	0.2727	2794	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.33-3.46	0.3571	142	0.2692	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.46-3.62	0.3168	158	0.2708	2764	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.62-3.81	0.2658	104	0.2424	2855	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.81-4.04	0.2987	141	0.2406	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.45
4.04-4.36	0.2699	139	0.2136	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.13
4.36-4.79	0.2114	175	0.1971	2798	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.79-5.49	0.2464	138	0.2051	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.21
5.49-6.91	0.2897	151	0.2463	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.2
6.91-48.82	0.2512	143	0.2425	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.06

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.37110706253	-0.661026669216	0.113806853775	0.328926681497	-0.20193955268	0.231361078423	-0.0691631776977	0.149200525022	-0.308881891442	0.0252917716721	0.0962025132334	0.160058820446	0.103425834615	0.0888411749811	0.0439731046188	0.0965558368513	-0.0373472022285	0.0504360025407	0.181338609441	0.0410346233411	0.162215882733	6.06777806379	0.673831050331	10.7854228566
2	1.83127516484	-0.920870311524	-0.647410197067	2.26634352986	-1.14340216038	2.27512021271	-0.222332981748	-0.304075958727	-0.332016739653	-0.101487290124	0.00738003088426	-0.343580260268	0.256770790435	0.09080436459	0.155329552943	0.0942521599993	-0.00619641226846	0.0582831591482	0.258660420363	-0.0393180117092	0.233611342019	18.0668644109	-6.81638798272	14.4009050583
3	1.28094123647	-0.200851475521	-0.689752186704	1.21791561534	0.67626232367	1.84853859012	-0.00984256214374	-0.00109577054175	0.155040856229	-0.0218978695378	0.0212387007174	-0.120175999767	-0.306625079441	0.151401549777	0.0121970001056	0.108658301679	-0.0178138322148	0.00892659679504	0.139587184408	0.0316295385256	0.161067803471	-3.71095902756	14.7568999628	14.1531844168
4	0.87859503072	0.687778287505	-0.0173796269077	1.01449963217	-0.44905037455	0.910407651365	-0.130432337467	0.00663755640035	-0.138300330408	-0.132721025262	-0.00311027746999	0.0804750042755	0.306224998444	0.21383892055	0.130282967754	0.298221391742	0.101922575586	0.160122852138	0.169338823705	0.123016649332	0.251935708951	-10.1489512813	-14.74276216	18.5326147366
5	2.56746611946	0.903713818897	1.05205065712	1.19103472584	0.259197777251	1.55499904622	-0.0227972503486	-0.714082445784	0.123153016095	0.516681690641	-0.0339756965161	0.0663600734823	-0.128016721947	0.340745307664	0.0606958257249	0.376951100599	0.0635730089594	0.0201254674827	0.450231993959	0.0427601402524	0.183752527533	1.3270171042	-6.53462928927	34.8054653296
6	1.49274194632	0.139750991947	-1.30371814676	0.488781634708	-0.983780691014	2.69629064195	-0.0839584321154	-0.631413306011	0.20274220368	0.188698721705	-0.154677118403	-0.0375244851477	-0.585714018993	0.387505055522	0.0941029231158	0.519055077141	0.105937548158	-0.0992096657631	0.673848120314	0.0158838969075	0.210215932881	9.53020788853	-5.80383667377	37.2906438137
7	1.67054683425	0.911233162805	-0.526960054428	3.05000649159	-0.416928459446	2.55113013403	-0.106853859728	-0.6570340101	-0.324003589984	0.503920004473	0.0663704453987	-0.43283374736	-0.147414998018	0.794718650067	-0.188015167254	0.370670377943	0.150852195886	0.109802849509	0.571903275708	0.0436435821704	0.295869030776	10.5063284315	-11.5085091627	34.0030978259
8	2.15392277824	-0.13741312584	-0.0580263369134	1.0657442622	0.150951864643	0.383721121307	0.0085811019858	-0.235423301335	-0.371475081093	0.0161704848345	-0.10280128132	-0.166982768055	0.296376951298	0.104054653032	0.085633939929	0.200205343269	0.0291795693371	0.0904292600001	0.244468744733	0.108632510046	0.24499716178	-7.2864841973	-17.6348816378	25.2462928192
9	0.977237376338	0.160006132084	-0.503022350498	2.33731161367	0.166208263498	1.7467965479	-0.333237502538	0.174983664636	-0.497530323708	-0.323596427324	0.234757635103	-0.075215179329	0.931593474	0.00794699876439	0.0240178032273	0.528804777132	-0.0652384436711	0.107557979318	0.0720523429014	0.0190158528646	0.411601571604	-18.0519131212	-19.9812485245	10.2686560432
10	2.36094301703	0.174135881652	1.2355868282	4.84498378145	-0.674682011647	1.0385856688	0.0762549650249	0.0367843749097	0.0833973027385	-0.096713306469	0.0187019086181	-0.302498404546	-0.297932609209	-0.443249773848	-0.0906856228923	0.261119942683	-0.0651220385582	0.0146328609667	0.363959203531	0.200998018091	0.279395818701	-13.7221526969	5.15623914531	-13.4426874209
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51	1.34609431188	-2.42735390189	0.134823143861	4.38796084728	-0.28959676553	0.258037826366	-0.0113493392856	0.324552344497	0.171233073623	-0.690492642893	-0.245991747662	0.0521993995267	-0.00756812103272	0.195006849723	0.132420480307	0.519871641907	-0.292003802254	-0.240930469333	0.560214907284	0.235174294354	0.616426000019	11.7052352788	-28.6388450352	-51.0305880591
52	1.40812527371	0.448620583214	0.743659076499	0.873217694981	0.875251795171	0.950674104554	0.0337845449447	-0.00417897569904	0.0955435499358	-0.0470787878253	0.103810157709	0.193999609453	0.315587515738	-0.503360348772	0.223904869786	0.228382463296	-0.0271870869585	-0.172777927353	0.352944571341	-0.00617527234084	0.182010444434	20.0350584485	-22.9390348651	-37.0463055673
53	4.77369219105	0.272553487851	-2.90039718037	1.4061793619	-0.902675416359	4.05441665956	-0.268414981194	0.292368688056	-0.615350713913	-0.108892425378	-0.0498282257787	-0.0568933625064	0.293034741663	-0.218966398075	-0.10409944082	0.0921183585562	0.00472606467409	-0.0262384201793	0.121357931879	0.0439267728013	0.224558750119	32.0896164338	-19.6554224715	-28.2199627351
54	1.69028649542	0.418487699489	-0.187149661564	1.3242071369	-1.36165912834	2.23754200782	0.226002643182	0.273425752187	0.0538203876309	-0.426564947157	0.206696732249	-0.155718202727	0.290807868122	-0.300509596278	0.218622733437	0.281871470759	-0.0542327695506	-0.0637776442375	0.335902044436	-0.160099277583	0.28412624605	17.7888730379	-23.1485830029	-33.488612259

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 226 through 323 )	A	A	226 - 323	1 - 98
2	2	chain 'A' and (resid 324 through 408 )	A	A	324 - 408	99 - 173
3	3	chain 'A' and (resid 409 through 531 )	A	A	409 - 531	174 - 296
4	4	chain 'B' and (resid 222 through 267 )	B	B	222 - 267	1 - 46
5	5	chain 'B' and (resid 268 through 338 )	B	B	268 - 338	47 - 111
6	6	chain 'B' and (resid 339 through 363 )	B	B	339 - 363	112 - 136
7	7	chain 'B' and (resid 364 through 403 )	B	B	364 - 403	137 - 171
8	8	chain 'B' and (resid 404 through 464 )	B	B	404 - 464	172 - 231
9	9	chain 'B' and (resid 465 through 531 )	B	B	465 - 531	232 - 298
10	10	chain 'C' and (resid 1 through 7 )	C	C	1 - 7	1 - 7
11	11	chain 'C' and (resid 8 through 59 )	C	C	8 - 59	8 - 59
12	12	chain 'C' and (resid 60 through 82 )	C	C	60 - 82	60 - 82
13	13	chain 'C' and (resid 83 through 117 )	C	C	83 - 117	83 - 117
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 7 )	D	D	1 - 7	1 - 7
15	15	chain 'D' and (resid 8 through 17 )	D	D	8 - 17	8 - 17
16	16	chain 'D' and (resid 18 through 39 )	D	D	18 - 39	18 - 39
17	17	chain 'D' and (resid 40 through 52 )	D	D	40 - 52	40 - 52
18	18	chain 'D' and (resid 53 through 59 )	D	D	53 - 59	53 - 59
19	19	chain 'D' and (resid 60 through 66 )	D	D	60 - 66	60 - 66
20	20	chain 'D' and (resid 67 through 82 )	D	D	67 - 82	67 - 82
21	21	chain 'D' and (resid 83 through 91 )	D	D	83 - 91	83 - 91
22	22	chain 'D' and (resid 92 through 106 )	D	D	92 - 106	92 - 106
23	23	chain 'D' and (resid 107 through 114 )	D	D	107 - 114	107 - 114
24	24	chain 'E' and (resid 226 through 247 )	E	E	226 - 247	1 - 22
25	25	chain 'E' and (resid 248 through 292 )	E	E	248 - 292	23 - 67
26	26	chain 'E' and (resid 293 through 337 )	E	E	293 - 337	68 - 108
27	27	chain 'E' and (resid 338 through 352 )	E	E	338 - 352	109 - 123
28	28	chain 'E' and (resid 353 through 407 )	E	E	353 - 407	124 - 169
29	29	chain 'E' and (resid 408 through 437 )	E	E	408 - 437	170 - 197
30	30	chain 'E' and (resid 438 through 484 )	E	E	438 - 484	198 - 244
31	31	chain 'E' and (resid 485 through 513 )	E	E	485 - 513	245 - 273
32	32	chain 'E' and (resid 514 through 531 )	E	E	514 - 531	274 - 291
33	33	chain 'F' and (resid 222 through 267 )	F	F	222 - 267	1 - 46
34	34	chain 'F' and (resid 268 through 292 )	F	F	268 - 292	47 - 71
35	35	chain 'F' and (resid 293 through 316 )	F	F	293 - 316	72 - 92
36	36	chain 'F' and (resid 317 through 363 )	F	F	317 - 363	93 - 139
37	37	chain 'F' and (resid 364 through 401 )	F	F	364 - 401	140 - 175
38	38	chain 'F' and (resid 402 through 421 )	F	F	402 - 421	176 - 195
39	39	chain 'F' and (resid 422 through 513 )	F	F	422 - 513	196 - 287
40	40	chain 'F' and (resid 514 through 530 )	F	F	514 - 530	288 - 304
41	41	chain 'G' and (resid 1 through 66 )	G	G	1 - 66	1 - 66
42	42	chain 'G' and (resid 67 through 90 )	G	G	67 - 90	67 - 90
43	43	chain 'G' and (resid 91 through 118 )	G	G	91 - 118	91 - 118
44	44	chain 'H' and (resid 1 through 7 )	H	H	1 - 7	1 - 7
45	45	chain 'H' and (resid 8 through 17 )	H	H	8 - 17	8 - 17
46	46	chain 'H' and (resid 18 through 32 )	H	H	18 - 32	18 - 32
47	47	chain 'H' and (resid 33 through 44 )	H	H	33 - 44	33 - 44
48	48	chain 'H' and (resid 45 through 59 )	H	H	45 - 59	45 - 59
49	49	chain 'H' and (resid 60 through 72 )	H	H	60 - 72	60 - 72
50	50	chain 'H' and (resid 73 through 82 )	H	H	73 - 82	73 - 82
51	51	chain 'H' and (resid 83 through 91 )	H	H	83 - 91	83 - 91
52	52	chain 'H' and (resid 92 through 98 )	H	H	92 - 98	92 - 98
53	53	chain 'H' and (resid 99 through 106 )	H	H	99 - 106	99 - 106
54	54	chain 'H' and (resid 107 through 115 )	H	H	107 - 115	107 - 115

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