PDB-8g0u: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with an iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g0u

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with an isopropyl ester AMP inhibitor from Cryptococcus neoformans H99

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with an isopropyl ester AMP inhibitor from Cryptococcus neoformans H99
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Staker, B.L.

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g0u.cif.gz	734.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g0u.ent.gz	605 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

234 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.879, 183.779, 84.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / プラスミド: CrneC.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A854QMN0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-YHQ / 5'-O-{(R)-hydroxy[(propan-2-yl)oxy]phosphoryl}adenosine 分子量: 389.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 12.5% 8K, 0.2M NaCl, 0.1M K/Na phosphate, CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10 mg/mL. Plate: Liu-S-058 well D2, HGN1195 cocrystallization (1 mM), Puck: PSL-0704, Cryo: 25% PEG200 + 75% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→183.78 Å / Num. obs: 170650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 1204379
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.001 / Num. measured all: 79026 / Num. unique obs: 12601 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.435 / R_rim(I) all: 1.093 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→35.89 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	8510	4.99 %
R_work	0.1735	-	-
obs	0.175	170419	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13767	0	102	979	14848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.657	19707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.178	5223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.2703	264	0.2443	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2904	295	0.2399	5401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2696	302	0.2325	5298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-1.99	0.2808	283	0.2273	5484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2722	276	0.2336	5310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2823	290	0.2307	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2387	303	0.22	5334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2453	277	0.2123	5430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2445	273	0.2051	5381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.2347	281	0.1932	5388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2262	282	0.1885	5383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2174	271	0.1869	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.2483	287	0.1859	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2259	277	0.1866	5386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2252	283	0.1827	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2225	290	0.1803	5362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2179	293	0.1818	5373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2401	304	0.1876	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2168	230	0.1826	5422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.2026	294	0.1771	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2074	256	0.1816	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2119	280	0.1876	5382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.2288	280	0.1928	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.2037	260	0.1835	5458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.1777	285	0.1709	5395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.1867	319	0.1609	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1838	305	0.1486	5365	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.68	0.1528	277	0.1291	5461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.9	0.1723	298	0.1397	5408	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9-35.89	0.2075	295	0.1825	5414	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.676	-0.6436	-0.1375	1.3636	-0.4539	0.6729	-0.0307	-0.0455	-0.0877	-0.0996	0.4065	0.9492	0.0294	-0.3602	-0.1561	0.194	-0.0367	-0.0301	0.3993	0.1931	0.6559	-22.6124	7.7826	-8.3901
2	1.329	-0.8204	0.2203	2.7479	-0.8428	1.8071	0.2266	0.219	-0.1581	-0.7102	-0.039	0.0318	0.4538	0.2073	-0.1688	0.386	0.0659	0.0014	0.3219	-0.0657	0.2352	1.6601	-12.2435	-13.7402
3	4.6703	0.7437	0.6644	3.8242	0.6253	2.0834	0.2018	-0.0656	-0.1325	-0.3705	0.1041	0.5293	0.2137	-0.1508	-0.2771	0.2104	0.0056	-0.0533	0.2235	0.0706	0.2875	-11.4735	0.4092	-12.6856
4	1.018	-0.562	0.4286	2.604	-0.9444	1.2743	0.171	0.1369	-0.2444	-0.7308	0.2293	0.8761	0.3111	-0.1777	-0.1919	0.3397	-0.0832	-0.1895	0.3489	0.0595	0.5278	-20.0138	4.2713	-22.5591
5	4.4615	1.7031	1.7646	1.4753	1.9615	2.733	-0.1824	0.6588	-0.0266	-1.3675	0.4089	0.3922	-0.0865	0.1691	-0.1502	1.2346	-0.1824	-0.4283	0.6059	0.0847	0.7033	-22.7826	5.5101	-46.8168
6	6.4933	-0.9382	-1.7247	9.135	-4.4309	2.9004	0.1251	0.3503	-0.6803	-0.3095	-0.137	-0.6453	0.6791	0.5398	-0.0047	0.9746	-0.0371	-0.1602	0.6299	-0.0645	0.5729	-6.843	2.0487	-40.8196
7	1.0478	-0.2941	0.4469	2.5764	-0.7874	0.8801	-0.2136	-0.0637	0.0952	0.8447	0.1361	-0.331	-0.2294	0.0552	0.0568	0.5166	0.0996	-0.0632	0.333	-0.0733	0.235	15.8526	-14.3116	22.4356
8	0.6625	-0.2552	0.1677	2.7226	-0.8418	0.7664	-0.0911	-0.2011	-0.1187	0.6584	0.2109	0.1708	-0.0825	-0.1344	-0.0915	0.4453	0.0939	0.069	0.325	0.003	0.2353	7.5883	-33.3687	24.7597
9	4.7358	1.3777	0.995	6.8312	0.4614	3.5132	-0.2124	0.1112	-0.0181	0.16	0.2066	-1.3148	-0.4241	0.5032	0.0379	0.4031	0.0191	-0.0274	0.348	-0.0781	0.546	23.8301	-47.6745	23.2977
10	1.7756	0.0936	0.1516	0.9074	0.5642	0.4658	-0.4683	-0.45	0.5189	1.2345	0.1522	-0.4358	-0.7472	-0.2142	0.2131	0.9586	0.162	-0.2423	0.4019	-0.1582	0.461	5.9295	21.9207	16.764
11	1.5109	-0.1999	0.1246	0.8795	-0.6421	0.9045	-0.3491	0.2365	0.6106	0.6399	-0.367	-1.0826	-0.5159	0.3426	0.3912	0.2363	-0.1321	-0.1649	0.4336	0.2205	0.8636	18.1895	21.641	-5.3101
12	0.2388	-0.1589	-0.0144	1.8471	-0.7325	0.9189	-0.5884	-0.2458	0.8168	1.1404	-0.0994	-0.7321	-1.3652	0.3124	0.0614	1.2605	-0.1036	-0.6392	0.2422	-0.106	1.0141	13.2304	35.3066	9.9979
13	0.3775	0.0982	-0.3942	0.8969	0.5958	0.9108	0.3574	-0.4413	0.3973	0.5931	0.1725	-0.1911	-0.3322	0.14	0.8197	1.7885	-0.0912	-1.0843	0.2287	-0.4108	1.0584	16.7052	34.3496	23.8766
14	1.2332	0.6023	0.4337	1.0757	0.0562	0.2361	-0.2236	-0.7189	0.4147	1.0771	-0.1587	-0.6461	-0.7466	0.2784	-0.2213	1.3155	-0.1548	-1.1756	0.6396	-0.2386	0.8987	26.4361	22.7374	28.2059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 278 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 279 through 334 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 335 through 555 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 556 through 629 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 630 through 677 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 11 through 382 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 383 through 555 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 556 through 677 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 47 through 132 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 133 through 278 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 279 through 406 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 407 through 474 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 475 through 540 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)