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- PDB-8g0q: Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g0q
タイトルCrystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment
要素
  • DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2
  • Kinetochore protein NDC80動原体
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Cell division (細胞分裂) / chromosome segregation / kinetochore (動原体) / Ndc80 complex / Ndc80 / Nuf2 / Dam1 / DASH-Dam1 complex / phospho-regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / 細胞分裂 / protein-containing complex binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NUF2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: Structure of the Ndc80 complex and its interactions at the yeast kinetochore-microtubule interface.
著者: Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80
B: DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2
C: Kinetochore protein NDC80
D: DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0354
ポリマ－122,0354
非ポリマー00
水0
1
A: Kinetochore protein NDC80
B: DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0182
ポリマ－61,0182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area30040 Å2
手法PISA
2
C: Kinetochore protein NDC80
D: DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0182
ポリマ－61,0182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.997, 129.997, 216.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Space group name HallP322(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: -y,-x,-z+1/3
#5: -x+y,y,-z+2/3
#6: x,x-y,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 115 through 684)
d_2ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPGLUA2 - 269
d_21ens_1ASPGLUC1 - 268

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.461041106313, 0.0351179656091, -0.886683611432), (-0.0168689639251, -0.999382890624, -0.0308103226908), (-0.887218426514, 0.000752608594985, 0.461348997218) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.461041106313, 0.0351179656091, -0.886683611432), (-0.0168689639251, -0.999382890624, -0.0308103226908), (-0.887218426514, 0.000752608594985, 0.461348997218)
ベクター: 111.920838913, 12.9088176791, 68.1270123025)

-
要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 / 動原体 / 80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with ...80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with DMC1 protein 3


分子量: 34124.867 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 106-318,residues 621-691 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質 DASH complex subunit DAM1,Kinetochore protein NUF2 / DUO1 and MPS1-interacting protein 1 / Kinetochore assembly protein DAM1 / Outer kinetochore protein DAM1


分子量: 26892.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAM1, YGR113W, G6153, NUF2, YOL069W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53267, UniProt: P33895

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→99.9 Å / Num. obs: 24938 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 70.6 % / Biso Wilson estimate: 80.04 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3.22→3.54 Å / Rmerge(I) obs: 3.44 / Num. unique obs: 1549 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.418 / Rrim(I) all: 3.55 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.22→99.86 Å / SU ML: 0.4157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.6146
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1236 4.96 %
Rwork0.2629 23699 -
obs0.264 24935 72.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→99.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7940 0 0 0 7940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00278075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.561910875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03581210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.95991034
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.65797192021 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.350.7362110.4449307X-RAY DIFFRACTION8.43
3.35-3.50.4203440.3801860X-RAY DIFFRACTION23.95
3.5-3.680.3268900.3251670X-RAY DIFFRACTION47.02
3.68-3.910.29411570.30352855X-RAY DIFFRACTION79.75
3.91-4.220.31611900.28713427X-RAY DIFFRACTION95.56
4.22-4.640.31141890.27233602X-RAY DIFFRACTION99.63
4.64-5.310.29311830.23933587X-RAY DIFFRACTION99.5
5.31-6.690.3451900.33013640X-RAY DIFFRACTION99.87
6.69-99.860.20461820.20823751X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.429031188033-0.0267115709126-0.1697011128671.360191887950.5799616138940.470655021178-0.0263746704303-0.04716388093870.0836639513510.122648667504-0.1671579440810.330714335325-0.0591935994685-0.2233275491570.01258732617540.6240348024170.4652959488910.1169285974510.382484106541-0.2738726218440.1377046030632.168209383541.690780392824.2501886669
20.742402051194-0.538560933231-0.8189972644541.481639386861.107809059851.143772457620.07587729141030.1735799548970.0241204415156-0.0352398775875-0.1991549391370.290980759644-0.124052982436-0.435979832090.3122745612110.6249644899590.3868141510820.06400166461930.69993094776-0.4279352941660.2290719042324.187180206731.667842980617.8819070835
31.87961254181-1.45133795374-0.3776270134822.717851104120.4599274686060.557234106824-0.114104189869-0.00516567514407-0.111244896550.001097153555820.07094060315-0.118810742861-0.00789621659158-0.0509430418743-0.0237081111150.6128597715140.4099770644390.1093214981360.378337207523-0.2859437733960.3994072303135.48998146326.848071909528.5265493248
41.025699990140.1942686236161.483026177246.537943907650.8522782839582.18991346640.203990341103-1.35123397478-0.8152482752850.557244700088-0.2776157127580.3246412396620.883345282069-0.9108811750160.02438851192191.260294278520.1229130168540.4446999957020.8675741761730.4455442832661.2945557508148.4614500475-1.349747803838.0342935881
50.5490431786670.429441957159-0.2832227714731.14041125368-1.152911728421.268572430190.0967783609466-0.150836978312-0.1126508938930.0469524353424-0.250613316381-0.166033886706-0.06348928451620.162146063151-0.05755800996140.931112573524-0.1582532969920.8136201175210.01387645699250.4570794952540.40437278435655.3334575661-0.98715371418221.2697362659
60.5285965413380.126628580048-0.1100653390160.668394350689-0.2423330784940.649156552643-0.00738677030368-0.0620129599208-0.006534960839020.0306843304463-0.0563020008023-0.083483302818-0.0236000621843-0.0960243801893-0.06985331778131.06437468321-0.2162312304640.4107772838790.5376027331440.5768871941810.73074316678547.7997108483-48.878989252469.33731928
70.78709871892-0.01772760815570.1926612579211.74026528713-0.7701838837770.3859512951350.200072968517-0.0254260840411-0.377342799865-0.152984192448-0.1166684541890.1186204799350.229885827133-0.4190220137910.07861541392931.0716225578-0.2458047950870.2416818035790.862894616212-0.3517198932760.71879316492742.3924682817-8.7776941998411.7249854902
80.01836172178030.01003675858130.1335047940640.008450731077630.07785242438470.7898621155110.1771384302830.273334200486-0.147533449323-0.178433285075-0.2146480194150.1683905393670.153171870444-0.1435395489130.09134682028630.839910241893-0.05667057038270.3450969406050.449669764538-0.4129171142990.38510253106733.22806939045.8549465161210.9183252075
90.1346792102920.15192338918-0.1133463957460.462458745308-0.2008105157550.1132712598770.0682889280831-0.5420362969260.4744583174080.282638260326-0.38791392623-0.762050506526-0.189183638037-0.5368861495510.2977851286821.11341121040.2303731000570.4179449719441.27427404002-0.09027222192461.1211809664931.147222015624.945411825438.1049547493
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 114:166)AA114 - 1661 - 53
22(chain A and resid 167:219)AA167 - 21954 - 106
33(chain A and resid 220:240)AA220 - 240107 - 127
44(chain A and resid 241:267)AA241 - 267128 - 154
55(chain A and resid 268:625)AA268 - 625155 - 210
66(chain A and resid 626:684)AA626 - 684211 - 269
77(chain B and resid 254:299)BB254 - 2991 - 27
88(chain B and resid 300:1064)BB300 - 106428 - 96
99(chain B and resid 1065:1082)BB1065 - 108297 - 114
1010(chain B and resid 1083:1132)BB1083 - 1132115 - 164
1111(chain B and resid 1133:1411)BB1133 - 1411165 - 190
1212(chain B and resid 1412:1451)BB1412 - 1451191 - 230
1313(chain C and resid 115:165)CC115 - 1651 - 51
1414(chain C and resid 166:229)CC166 - 22952 - 115
1515(chain C and resid 230:247)CC230 - 247116 - 133
1616(chain C and resid 248:280)CC248 - 280134 - 166
1717(chain C and resid 281:303)CC281 - 303167 - 189
1818(chain C and resid 304:684)CC304 - 684190 - 268
1919(chain D and resid 1009:1046)DD1009 - 10461 - 38
2020(chain D and resid 1047:1064)DD1047 - 106439 - 56
2121(chain D and resid 1065:1101)DD1065 - 110157 - 93
2222(chain D and resid 1102:1149)DD1102 - 114994 - 141
2323(chain D and resid 1150:1423)DD1150 - 1423142 - 162
2424(chain D and resid 1424:1451)DD1424 - 1451163 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る