[日本語] English
万見
- PDB-8g0l: Semi-synthetic CoA-alpha-Synuclein Constructs Trap N-terminal Ace... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g0l
タイトルSemi-synthetic CoA-alpha-Synuclein Constructs Trap N-terminal Acetyltransferase NatB for Binding Mechanism Studies
要素
  • Alpha-synuclein
  • N-alpha-acetyltransferase 20
  • N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit
キーワードTRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glutamine acetylation / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatB / N-terminal peptidyl-aspartic acid acetylation / N-terminal peptidyl-glutamic acid acetylation / NatB complex / N-terminal protein amino acid acetylation / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone ...N-terminal peptidyl-glutamine acetylation / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatB / N-terminal peptidyl-aspartic acid acetylation / N-terminal peptidyl-glutamic acid acetylation / NatB complex / N-terminal protein amino acid acetylation / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / regulation of locomotion / synaptic vesicle priming / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / enzyme inhibitor activity / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / supramolecular fiber organization / inclusion body / phospholipid metabolic process / cellular response to copper ion / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / cytoskeleton organization / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / negative regulation of protein kinase activity / excitatory postsynaptic potential / fatty acid metabolic process / regulation of actin cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell cortex / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / histone binding
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / N-acetyltransferase B complex, non-catalytic subunit / N-acetyltransferase B complex (NatB) non catalytic subunit / : / Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / N-acetyltransferase B complex, non-catalytic subunit / N-acetyltransferase B complex (NatB) non catalytic subunit / : / Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / TPR repeat region circular profile. / Acyl-CoA N-acyltransferase / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBOXYMETHYL COENZYME *A / Alpha-synuclein / N-alpha-acetyltransferase 20 / N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Gardner, S.M. / Marmorstein, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118090-07 米国
引用
ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2023
タイトル: Semi-Synthetic CoA-α-Synuclein Constructs Trap N-Terminal Acetyltransferase NatB for Binding Mechanism Studies.
著者: Buyan Pan / Sarah M Gardner / Kollin Schultz / Ryann M Perez / Sunbin Deng / Marie Shimogawa / Kohei Sato / Elizabeth Rhoades / Ronen Marmorstein / E James Petersson /
要旨: N-terminal acetylation is a chemical modification carried out by N-terminal acetyltransferases. A major member of this enzyme family, NatB, acts on much of the human proteome, including α-synuclein ...N-terminal acetylation is a chemical modification carried out by N-terminal acetyltransferases. A major member of this enzyme family, NatB, acts on much of the human proteome, including α-synuclein (αS), a synaptic protein that mediates vesicle trafficking. NatB acetylation of αS modulates its lipid vesicle binding properties and amyloid fibril formation, which underlies its role in the pathogenesis of Parkinson's disease. Although the molecular details of the interaction between human NatB (hNatB) and the N-terminus of αS have been resolved, whether the remainder of the protein plays a role in interacting with the enzyme is unknown. Here, we execute the first synthesis, by native chemical ligation, of a bisubstrate inhibitor of NatB consisting of coenzyme A and full-length human αS, additionally incorporating two fluorescent probes for studies of conformational dynamics. We use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to characterize the structural features of the hNatB/inhibitor complex and show that, beyond the first few residues, αS remains disordered when in complex with hNatB. We further probe changes in the αS conformation by single molecule Förster resonance energy transfer (smFRET) to reveal that the C-terminus expands when bound to hNatB. Computational models based on the cryo-EM and smFRET data help to explain the conformational changes as well as their implications for hNatB substrate recognition and specific inhibition of the interaction with αS. Beyond the study of αS and NatB, these experiments illustrate valuable strategies for the study of challenging structural biology targets through a combination of protein semi-synthesis, cryo-EM, smFRET, and computational modeling.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Semi-synthetic CoA-α-Synuclein Constructs Trap N-terminal Acetyltransferase NatB for Binding Mechanism Studies.
著者: Buyan Pan / Sarah Gardner / Kollin Schultz / Ryann M Perez / Sunbin Deng / Marie Shimogawa / Kohei Sato / Elizabeth Rhoades / Ronen Marmorstein / E James Petersson
要旨: N-terminal acetylation is a chemical modification carried out by N-terminal acetyltransferases (NATs). A major member of this enzyme family, NatB, acts on much of the human proteome, including α- ...N-terminal acetylation is a chemical modification carried out by N-terminal acetyltransferases (NATs). A major member of this enzyme family, NatB, acts on much of the human proteome, including α-synuclein (αS), a synaptic protein that mediates vesicle trafficking. NatB acetylation of αS modulates its lipid vesicle binding properties and amyloid fibril formation, which underlies its role in the pathogenesis of Parkinson's disease. Although the molecular details of the interaction between human NatB (hNatB) and the N-terminus of αS have been resolved, whether the remainder of the protein plays a role in interacting with the enzyme is unknown. Here we execute the first synthesis, by native chemical ligation, of a bisubstrate inhibitor of NatB consisting of coenzyme A and full-length human αS, additionally incorporating two fluorescent probes for studies of conformational dynamics. We use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to characterize the structural features of the hNatB/inhibitor complex and show that, beyond the first few residues, αS remains disordered when in complex with hNatB. We further probe changes in the αS conformation by single molecule Förster resonance energy transfer (smFRET) to reveal that the C-terminus expands when bound to hNatB. Computational models based on the cryo-EM and smFRET data help to explain the conformational changes and their implications for hNatB substrate recognition and specific inhibition of the interaction with αS. Beyond the study of αS and NatB, these experiments illustrate valuable strategies for the study of challenging structural biology targets through a combination of protein semi-synthesis, cryo-EM, smFRET, and computational modeling.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-alpha-acetyltransferase 20
B: N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit
C: Alpha-synuclein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3024
ポリマ－133,4763
非ポリマー8261
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 20 / Methionine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase 5 / N-terminal acetyltransferase B complex ...Methionine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase 5 / N-terminal acetyltransferase B complex catalytic subunit NAA20 / N-terminal acetyltransferase B complex catalytic subunit NAT5 / NatB complex subunit NAT5 / NatB catalytic subunit


分子量: 20390.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA20, NAT5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61599, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatB
#2: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 25, NatB auxiliary subunit / Mitochondrial distribution and morphology protein 20 / N-terminal acetyltransferase B complex ...Mitochondrial distribution and morphology protein 20 / N-terminal acetyltransferase B complex subunit MDM20 / NatB complex subunit MDM20 / N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAA25 / p120


分子量: 112444.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA25, C12orf30, MDM20, NAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14CX7
#3: タンパク質・ペプチド Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 641.799 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840
#4: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ternary complex of NAA20, NAA25 and CoA-alpha-Synuclein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: sf9
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 43.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5470

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192518 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029051
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45712214
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.7661198
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0341350
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031555

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る