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- PDB-8g0f: Crystal structure of diphtheria toxin H223Q/H257Q double mutant (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g0f
タイトルCrystal structure of diphtheria toxin H223Q/H257Q double mutant (pH 5.5)
要素Diphtheria toxin
キーワードTOXIN / diptheria toxin / pH dependent conformational changes
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Ladokhin, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2023
タイトル: Histidine Protonation and Conformational Switching in Diphtheria Toxin Translocation Domain.
著者: Rodnin, M.V. / Vasques-Montes, V. / Kyrychenko, A. / Oliveira, N.F.B. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Douglas, J. / Lovell, S. / Machuqueiro, M. / Ladokhin, A.S.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphtheria toxin
B: Diphtheria toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4502
ポリマ－117,4502
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area40340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.548, 69.471, 72.879
Angle α, β, γ (deg.)117.99, 93.87, 99.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Diphtheria toxin


分子量: 58724.797 Da / 分子数: 2 / 変異: K51E, E148K, H223Q, H257Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23DELysS / 参照: UniProt: Q5PY51
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% (w/v) PEG 2000 MME, 100 mM sodium citrate tribasic, 200 mM sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.78 Å / Num. obs: 52984 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 182683
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Num. measured all: 15664 / Num. unique obs: 4660 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 0.869 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→36.31 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 2608 4.92 %
Rwork0.1904 --
obs0.1937 52961 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7506 0 0 167 7673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96910419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4912649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30.32111210.27532700X-RAY DIFFRACTION96
2.3-2.340.34071400.2462701X-RAY DIFFRACTION97
2.34-2.390.2631470.24912655X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.440.29581140.24422708X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.50.32731170.24752739X-RAY DIFFRACTION98
2.5-2.560.35351660.25772660X-RAY DIFFRACTION97
2.56-2.630.30471360.24082724X-RAY DIFFRACTION98
2.63-2.70.33611280.2452238X-RAY DIFFRACTION81
2.71-2.790.33331450.22732738X-RAY DIFFRACTION98
2.79-2.890.30281200.2342733X-RAY DIFFRACTION98
2.89-3.010.33031360.2372686X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.140.31221530.23942706X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.310.30871520.21262719X-RAY DIFFRACTION98
3.31-3.520.26351110.19562301X-RAY DIFFRACTION84
3.52-3.790.24171700.17412648X-RAY DIFFRACTION97
3.79-4.170.21381490.15292669X-RAY DIFFRACTION97
4.17-4.770.1791360.12922690X-RAY DIFFRACTION97
4.77-6.010.21861740.15862630X-RAY DIFFRACTION96
6.01-36.310.2156930.16862708X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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