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- PDB-8fzz: Phocaeicola vulgatus type VI secretion system Ntox15 effector and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fzz
タイトルPhocaeicola vulgatus type VI secretion system Ntox15 effector and immunity Tde2/Tdi2
要素
  • DUF1851 domain-containing protein
  • Ntox15 domain-containing protein
キーワードTOXIN / type VI secretion system / immunity / Bacteroidaceae
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / :
類似検索 - 分子機能
Novel toxin 15 / Novel toxin 15 / GAD-related / T6SS immunity protein Tdi1, C-terminal / GAD-like domain / T6SS immunity protein Tdi1, C-terminal / Hemolysin coregulated protein (Hcp) TssD / Hemolysin coregulated protein Hcp (TssD)
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1851 domain-containing protein / Novel toxin 15 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phocaeicola vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Mougous, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K08 AI159619 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural disruption of Ntox15 nuclease effector domains by immunity proteins protects against type VI secretion system intoxication in Bacteroidales.
著者: Bosch, D.E. / Abbasian, R. / Parajuli, B. / Peterson, S.B. / Mougous, J.D.
履歴
登録2023年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ntox15 domain-containing protein
B: DUF1851 domain-containing protein
C: Ntox15 domain-containing protein
D: DUF1851 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8444
ポリマ－95,8444
非ポリマー00
水543
1
A: Ntox15 domain-containing protein
B: DUF1851 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9222
ポリマ－47,9222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
2
C: Ntox15 domain-containing protein
D: DUF1851 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9222
ポリマ－47,9222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.311, 84.769, 175.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ntox15 domain-containing protein


分子量: 23840.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: R9H4Y9
#2: タンパク質 DUF1851 domain-containing protein


分子量: 24081.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: R9H4T6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 5% PEG 3350 (w/v), 200 mM NaCl, and 100 mM sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→39.1 Å / Num. obs: 42063 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.68→2.72 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 601 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20.1精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIXv1.20.1位相決定
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.68→39.04 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 3443 8.49 %
Rwork0.1848 --
obs0.1905 40563 92.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5607 0 0 3 5610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9337685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.316726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.720.36091020.25611217X-RAY DIFFRACTION73
2.72-2.760.29381240.25541330X-RAY DIFFRACTION84
2.76-2.80.30751290.24631344X-RAY DIFFRACTION84
2.8-2.840.31431240.23341370X-RAY DIFFRACTION85
2.84-2.890.34591300.24841356X-RAY DIFFRACTION85
2.89-2.940.29721260.23691371X-RAY DIFFRACTION85
2.94-2.990.3191320.22881444X-RAY DIFFRACTION88
2.99-3.050.3211350.22011414X-RAY DIFFRACTION89
3.05-3.110.32091210.24171407X-RAY DIFFRACTION89
3.11-3.180.30991440.23581540X-RAY DIFFRACTION92
3.18-3.250.32451350.20981467X-RAY DIFFRACTION93
3.25-3.330.28071440.20161517X-RAY DIFFRACTION94
3.33-3.420.24941450.19381532X-RAY DIFFRACTION95
3.42-3.520.24961380.19091540X-RAY DIFFRACTION95
3.52-3.640.24581500.17571535X-RAY DIFFRACTION95
3.64-3.770.24881380.15751500X-RAY DIFFRACTION95
3.77-3.920.20481460.1651568X-RAY DIFFRACTION96
3.92-4.10.26641490.14731530X-RAY DIFFRACTION97
4.1-4.310.1951490.13851611X-RAY DIFFRACTION98
4.31-4.580.19811420.131570X-RAY DIFFRACTION97
4.58-4.930.18591420.13881582X-RAY DIFFRACTION98
4.93-5.430.21971510.1591592X-RAY DIFFRACTION99
5.43-6.210.24361470.191578X-RAY DIFFRACTION99
6.21-7.810.22311440.20341614X-RAY DIFFRACTION99
7.83-39.040.20721560.17061591X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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