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- PDB-8fzk: Dimeric human importin alpha subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fzk
タイトルDimeric human importin alpha subunit
要素Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / importin / karyopherin / nuclear transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / DNA metabolic process / nuclear localization sequence binding ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / DNA metabolic process / nuclear localization sequence binding / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of type I interferon production / ISG15 antiviral mechanism / histone deacetylase binding / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Donnelly, C.M. / Stewart, M. / Forwood, J.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimeric human importin alpha subunit
著者: Donnelly, C.M. / Stewart, M. / Forwood, J.K.
履歴
登録2023年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Importin subunit alpha-1
C: Importin subunit alpha-1
D: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,3896
ポリマ－199,1704
非ポリマー2202
水7,891438
1
A: Importin subunit alpha-1
B: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7803
ポリマ－99,5852
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Importin subunit alpha-1
D: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6093
ポリマ－99,5852
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.107, 90.838, 94.603
Angle α, β, γ (deg.)103.190, 90.370, 97.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Importin subunit alpha-1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49792.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52292
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 14% PEG 8000, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.91 Å / Num. obs: 92088 / % possible obs: 98.039 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06758 / Rpim(I) all: 0.04155 / Net I/σ(I): 21.41
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Rmerge(I) obs: 0.5274 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 8992 / CC1/2: 0.757

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.91 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.5052
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 4586 4.98 %
Rwork0.2013 87462 -
obs0.2036 92048 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12826 0 13 438 13277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016113182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38718006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06182185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01082311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.92031795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.32381390.26172746X-RAY DIFFRACTION94.1
2.12-2.150.31161410.24682887X-RAY DIFFRACTION95.61
2.15-2.180.30311550.23712918X-RAY DIFFRACTION96.45
2.18-2.20.28891550.23852842X-RAY DIFFRACTION97.62
2.2-2.230.28891470.2342898X-RAY DIFFRACTION97.47
2.23-2.260.30161480.23152923X-RAY DIFFRACTION97.37
2.26-2.290.31981430.21992904X-RAY DIFFRACTION97.72
2.29-2.330.27731660.2272907X-RAY DIFFRACTION97.87
2.33-2.370.30551460.22282924X-RAY DIFFRACTION97.74
2.37-2.40.25921480.22482904X-RAY DIFFRACTION97.73
2.4-2.450.27611510.21452865X-RAY DIFFRACTION98.05
2.45-2.490.28891500.21292968X-RAY DIFFRACTION98.17
2.49-2.540.27911510.20442932X-RAY DIFFRACTION98.06
2.54-2.590.25981710.1922865X-RAY DIFFRACTION98.09
2.59-2.650.21731590.20582973X-RAY DIFFRACTION98.12
2.65-2.710.24731330.20512879X-RAY DIFFRACTION98.01
2.71-2.770.27591610.20992944X-RAY DIFFRACTION98.1
2.77-2.850.25271480.21312890X-RAY DIFFRACTION98.35
2.85-2.930.30481720.2252959X-RAY DIFFRACTION98.24
2.93-3.030.27941600.21142881X-RAY DIFFRACTION98.16
3.03-3.140.26391760.20372951X-RAY DIFFRACTION98.74
3.14-3.260.26851580.21252903X-RAY DIFFRACTION98.68
3.26-3.410.261520.20862928X-RAY DIFFRACTION98.88
3.41-3.590.2141620.18912953X-RAY DIFFRACTION98.95
3.59-3.810.21791230.17542990X-RAY DIFFRACTION98.98
3.81-4.110.2151480.16892958X-RAY DIFFRACTION99.17
4.11-4.520.20171600.16722944X-RAY DIFFRACTION99.17
4.52-5.170.19371320.17762943X-RAY DIFFRACTION99.1
5.17-6.50.2631710.21922933X-RAY DIFFRACTION98.79
6.5-29.910.22291600.20882950X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.976408086421.094910054540.7821406939032.464262234352.922541894743.545612086460.538180298873-1.452099627240.849431554250.509980472218-0.303632849022-0.257714699194-0.225692474652-0.124784383504-0.2480452165070.657266362635-0.2146399142980.1310766721151.08993330336-0.5395367147250.9043560976119.7008952082750.647561285930.7216318936
22.07975332899-0.991947861726-0.6039050345322.372231349921.168866395181.17954733665-0.0035434493511-0.3720472559160.229248724960.203530437050.006055711673390.000655234975407-0.03804608903320.037345055597-0.002199396146950.217526682406-0.0475002233833-0.01893800885570.284355848137-0.030838926860.19785913899713.030276925228.67683632037.82803847319
32.17539033189-0.3385390548820.1371319328882.00086235933-0.2817442885493.047346013350.0456309627878-0.0841696726296-0.8623476930080.354398883778-0.02790250081190.0084465830450.7725551261660.0593709742710.008498761158650.435379085159-0.0099974788079-0.02147713568930.227495594240.03638669418390.4931809096424.2164242761-5.342695376685.463377429
42.11967431974-1.10615177375-0.519177459973.254831220241.548716193681.52506096678-0.215358338208-0.435340297149-0.374514706280.4989375218960.2083984930240.3145591214990.409260346341-0.0787732973219-0.0193922764460.530948689749-0.00222115193020.07895444223490.4543748864120.1511019340960.34275469030515.33728433428.700003007127.5210411585
51.506742167490.6838614146940.5582893299063.19193367649-0.1746625122812.38487528269-0.128354393757-0.1078314725310.321805718707-0.2963012490150.175533917311-1.0241140307-0.1964368039190.257404307133-0.06581226825870.451219723379-0.05132291042010.1481137066830.558397384513-0.310265842481.0688230130833.127810815750.412904351625.2646678688
62.66166633832-0.548952900502-0.9134622182051.38316568356-0.08282274060491.951974866-0.05226559196280.225808669932-0.175592433137-0.1121208751740.0131745897487-0.0279759021360.0807408428799-0.0610303565180.02853398271270.184685705737-0.0507779674002-0.03492708059650.357165386974-0.03540108397380.277422173411-14.61041107281.29680659892-31.9298225924
71.349904478260.8498253430520.5643876005553.143649293271.077582736631.6662913646-0.08015294868960.2186196387610.0661002125437-0.1565735300650.001601375581930.00867040946821-0.162678012768-0.1774178196610.07719144640740.2126201844810.00950270777152-0.02624530521260.281624016284-0.005524497431340.176375298104-9.8727886655923.4747540802-11.0975374077
82.020197940580.057442847651-0.06085667352142.62204684729-0.8332499082482.611427668040.139766962870.05390383530330.40125749803-0.170267595628-0.183510443074-0.256103182437-0.729068130814-0.04844957430980.05428504581950.5326179361810.0338558562904-0.03674883140640.227785398081-0.007432746887450.364579123022-1.9272343240444.6915728559-8.06756815767
91.783266787190.249859136058-0.989454731851.49195458866-0.9110124443753.524865078470.293604934539-0.1412068151760.5472080641760.2695142601370.0586636667026-0.0693747963178-1.161842597960.0639066366193-0.2693196231290.9503550050510.0424159065946-0.01554847882960.3722430113050.04912619571050.648277287055-2.337917130460.4076095286-13.5779509789
101.702815946080.745485831714-0.8746249690772.901451819881.832781959192.435061057410.119128557294-0.1252805755080.107001110475-0.271463257717-0.3098562401960.0763472615158-0.405152457987-0.226848960530.2600332037590.6835815104580.196621278063-0.02009194987090.4981991015130.1224341619870.445451778056-15.432937213745.6503668765-30.9811631445
111.7508284876-0.0227554832629-0.5305069902082.48522725771-0.507789700822.217593793750.121504125382-0.01853009863440.0243460276190.0337350854241-0.01247645698910.0492074421447-0.2394206471320.0903218696991-0.0960987029810.175313688972-0.00332873204634-0.003760161280550.2843552286430.02135143880720.1579653512817.70253227527.75154426946-36.9289634708
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 79 through 175 )AA79 - 1751 - 97
22chain 'A' and (resid 176 through 363 )AA176 - 36398 - 285
33chain 'A' and (resid 364 through 497 )AA364 - 497286 - 419
44chain 'B' and (resid 76 through 322 )BB76 - 3221 - 247
55chain 'B' and (resid 323 through 497 )BB323 - 497248 - 422
66chain 'C' and (resid 76 through 245 )CC76 - 2451 - 170
77chain 'C' and (resid 246 through 363 )CC246 - 363171 - 288
88chain 'C' and (resid 364 through 433 )CC364 - 433289 - 358
99chain 'C' and (resid 434 through 497 )CC434 - 497359 - 422
1010chain 'D' and (resid 75 through 245 )DF75 - 2451 - 171
1111chain 'D' and (resid 246 through 498 )DF246 - 498172 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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