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- PDB-8fz3: Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fz3
タイトルSterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form
要素Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
キーワードPROTEIN BINDING / Sterile Alpha Motif / Ubiquitin Associated Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / cytoophidium / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / phosphorylation / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / cytoophidium / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / phosphorylation / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / small GTPase-mediated signal transduction / WW domain binding / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / clathrin-coated pit / Signaling by FLT3 fusion proteins / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / adherens junction / non-specific protein-tyrosine kinase / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / endocytosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Variant SH3 domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Transcription factor ETV6 / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.784 Å
データ登録者Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM146209-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form, With Disordered Human ACK1 UBA Domain Fused to C-terminus
著者: Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
B: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
C: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
D: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4087
ポリマ－79,2424
非ポリマー1663
水55831
1
A: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Kim CA, Phillips ML, Kim W, Gingery M, Tran HH, Robinson MA, Faham S, Bowie JU. Polymerization of the SAM domain of TEL in leukemogenesis and transcriptional repression. ...根拠: 電子顕微鏡法, Kim CA, Phillips ML, Kim W, Gingery M, Tran HH, Robinson MA, Faham S, Bowie JU. Polymerization of the SAM domain of TEL in leukemogenesis and transcriptional repression. EMBO J. 2001 Aug 1;20(15):4173-82. doi: 10.1093/emboj/20.15.4173. PMID: 11483520; PMCID: PMC149168.
  • 19.8 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8462
ポリマ－19,8111
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9052
ポリマ－19,8111
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8462
ポリマ－19,8111
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8111
ポリマ－19,8111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.506, 61.506, 166.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 19810.500 Da / 分子数: 4 / 変異: R45S, V77E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1, TNK2, ACK1 / プラスミド: pET42 / 詳細 (発現宿主): Kanamycin Resistant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: P41212, UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.784→44.84 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 63.22 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1248 / Rpim(I) all: 0.02867 / Rrim(I) all: 0.1281 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.784→2.883 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.3301 / Rrim(I) all: 1.516 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.20.1_4487data processing
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
autoPROCデータスケーリング
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QAR

2qar


解像度: 2.784→44.84 Å / SU ML: 0.4651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8854
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 467 5.24 %
Rwork0.2286 8451 -
obs0.2306 8918 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.784→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 7 31 2477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83833446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7686877
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.784-2.8830.36131530.31652823X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-4.010.29391600.2422801X-RAY DIFFRACTION99.93
4.01-44.840.22491540.19882827X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49053392781-3.89925242766-2.22926631683.624573781772.232332204341.16837038309-0.5444684136340.1688013819531.096644800930.755491110571-0.1729654519230.0735417776986-0.174981730873-0.2061432832810.5793850459180.733363324348-0.035403780898-0.2667420529460.5444470999650.03159878597630.862853952235-30.675902816535.985775583-24.4324510633
25.00437129615-7.37804854864-2.441496938352.027103960683.309239893842.553011226271.006660271561.377282620092.37164161546-0.6597332763050.131743927977-2.80705131258-0.4870705786570.507463550799-0.1163641501520.6524127602060.0285049849459-0.2066427465090.8013577154740.06882683878521.04530814905-18.885918167232.0971099235-29.6913235986
38.81077308040.9683485652072.32564309672.845474788273.235187572127.50789884187-0.81041586168-0.649264805058-0.3222687339390.471319933225-0.25465027399-0.255563611693-0.179739798915-0.9968486650531.109840520340.5698996015850.0306475800972-0.08022507790860.5312233087370.00762080845410.4529446259441.8114180071524.3480036326-0.781487983242
44.846213701440.9185036788581.630747859897.01866472342-1.26726410278.1990960315-0.220600263301-0.854071919303-0.2533414103160.232210122290.7508272538940.253343653550.291462676725-0.506500819165-0.1667322061210.4762138245180.02608172596350.06784808957110.4204927574980.1227858097840.335205339998-3.2619150203518.4915614317-6.72868725379
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152.144196336451.605659550841.409123815543.025684005852.962608250193.011961635950.290171979293-0.2305100468260.6519927425491.22203778604-0.8205315978691.9807349311-0.112878139780.3150438125260.3375454685760.728800949201-0.110441091233-0.02802020208040.649819062264-0.1380578112740.818912240175-18.687299491934.899257852211.4245759967
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173.54134666166-1.776863054521.389978357223.561658521711.959365684613.151370651070.846281328448-0.4402993281420.3580306826491.12396563223-0.108385044661-0.3501283337810.6453158647140.9842627105410.2422341587320.7683631874970.148342395847-0.1962575574350.5550376169920.04732185597350.596598481351-16.817362559324.1767205331-19.0419973894
188.80191116258-2.279623408430.8179330422369.614666966362.802907998688.69740114834-0.270817055984-0.8871408690610.8414025415661.62428975353-0.209237079351-0.982936890272-0.173376274596-0.003087736637210.4407813134820.7028459463220.0415245287751-0.1745632390470.385237727697-0.03889572475440.430128894714-23.162941888729.3534802839-18.6696638221
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 49 through 74 )DD49 - 7436 - 61
22chain 'D' and (resid 75 through 92 )DD75 - 9262 - 79
33chain 'A' and (resid 13 through 27 )AA13 - 271 - 15
44chain 'A' and (resid 28 through 41 )AA28 - 4116 - 29
55chain 'A' and (resid 42 through 74 )AA42 - 7430 - 62
66chain 'A' and (resid 75 through 90 )AA75 - 9063 - 78
77chain 'B' and (resid 13 through 20 )BB13 - 201 - 8
88chain 'B' and (resid 21 through 63 )BB21 - 639 - 51
99chain 'B' and (resid 64 through 89 )BB64 - 8952 - 77
1010chain 'C' and (resid 14 through 19 )CC14 - 191 - 6
1111chain 'C' and (resid 20 through 42 )CC20 - 427 - 29
1212chain 'C' and (resid 43 through 49 )CC43 - 4930 - 36
1313chain 'C' and (resid 50 through 63 )CC50 - 6337 - 50
1414chain 'C' and (resid 64 through 74 )CC64 - 7451 - 61
1515chain 'C' and (resid 75 through 86 )CC75 - 8662 - 73
1616chain 'C' and (resid 87 through 91 )CC87 - 9174 - 78
1717chain 'D' and (resid 14 through 19 )DD14 - 191 - 6
1818chain 'D' and (resid 20 through 48 )DD20 - 487 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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