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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fz3 | ||||||
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タイトル | Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form | ||||||
![]() | Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Sterile Alpha Motif / Ubiquitin Associated Domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / cytoophidium / vitellogenesis / WW domain binding / clathrin-coated vesicle ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / cytoophidium / vitellogenesis / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / hematopoietic stem cell proliferation / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / clathrin-coated pit / Signaling by FLT3 fusion proteins / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / neurogenesis / adherens junction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / endosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form, With Disordered Human ACK1 UBA Domain Fused to C-terminus 著者: Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2qarS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19810.500 Da / 分子数: 4 / 変異: R45S, V77E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P41212, UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.784→44.84 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 63.22 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1248 / Rpim(I) all: 0.02867 / Rrim(I) all: 0.1281 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.784→2.883 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.3301 / Rrim(I) all: 1.516 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2QAR 解像度: 2.784→44.84 Å / SU ML: 0.4651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8854 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.784→44.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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