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- PDB-8fyg: Crystal structure of Hyaluronate lyase A from Cutibacterium acnes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fyg
タイトルCrystal structure of Hyaluronate lyase A from Cutibacterium acnes
要素Hyaluronate lyase
キーワードLYASE / Polysaccharide lyase / Glycosaminoglycan (GAG) lyase / Hyaluronate lyase / Inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronate lyase / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding ...Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cutibacterium acnes HL043PA1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Katiki, M. / McNally, R. / Chatterjee, A. / Hajam, I.A. / Liu, G.Y. / Murali, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI141401 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Functional divergence of a bacterial enzyme promotes healthy or acneic skin.
著者: Hajam, I.A. / Katiki, M. / McNally, R. / Lazaro-Diez, M. / Kolar, S. / Chatterjee, A. / Gonzalez, C. / Paulchakrabarti, M. / Choudhury, B. / Caldera, J.R. / Desmond, T. / Tsai, C.M. / Du, X. ...著者: Hajam, I.A. / Katiki, M. / McNally, R. / Lazaro-Diez, M. / Kolar, S. / Chatterjee, A. / Gonzalez, C. / Paulchakrabarti, M. / Choudhury, B. / Caldera, J.R. / Desmond, T. / Tsai, C.M. / Du, X. / Li, H. / Murali, R. / Liu, G.Y.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyaluronate lyase
B: Hyaluronate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,6717
ポリマ－167,2402
非ポリマー4305
水23,9961332
1
A: Hyaluronate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8664
ポリマ－83,6201
非ポリマー2463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hyaluronate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8043
ポリマ－83,6201
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.960, 59.420, 125.990
Angle α, β, γ (deg.)90.61, 95.74, 90.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hyaluronate lyase


分子量: 83620.062 Da / 分子数: 2 / 変異: Y285F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cutibacterium acnes HL043PA1 (バクテリア)
株: HL043PA1 / 遺伝子: HMPREF9570_01449 / プラスミド: pET / 詳細 (発現宿主): pET His6 MBP TEV LIC cloning vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A828SH59, hyaluronate lyase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na dihydrogen phosphate pH 6.5, 9% PEG 8000, 5 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月20日
放射モノクロメーター: MSC/Yale double focusing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.8 Å / Num. obs: 88266 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.33
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.05-2.10.49761910.6230.6621
2.1-2.160.39764650.7540.5281
2.16-2.220.33961470.7660.4491
2.22-2.290.30260940.8240.4011
2.29-2.370.25458710.8770.3371
2.37-2.450.23357020.90.3081
2.45-2.540.20955270.9170.2761
2.54-2.650.16652870.9480.2191
2.65-2.760.14150540.9630.1871
2.76-2.90.12248740.9720.1611
2.9-3.060.10646060.9790.1391
3.06-3.240.08443320.9850.1111
3.24-3.470.07240310.9860.0961
3.47-3.740.05937290.9910.0781
3.74-4.10.05434230.9910.0721
4.1-4.580.05231320.990.0691
4.58-5.290.05127570.9920.0671
5.29-6.480.05323510.9910.071
6.48-9.170.04417980.9940.0581
9.17-19.80.0418950.9950.0541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データスケーリング
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データ削減
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→19.8 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 2006 2.27 %
Rwork0.2252 --
obs0.2259 88252 93.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11485 0 28 1332 12845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54716090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.441644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.351380.3195832X-RAY DIFFRACTION89
2.1-2.160.34271430.28436189X-RAY DIFFRACTION94
2.16-2.220.31811390.27346144X-RAY DIFFRACTION94
2.22-2.290.29941470.26836231X-RAY DIFFRACTION95
2.29-2.380.32261390.26036234X-RAY DIFFRACTION95
2.38-2.470.29881470.25736254X-RAY DIFFRACTION95
2.47-2.580.27541400.24776231X-RAY DIFFRACTION95
2.58-2.720.27981460.24036252X-RAY DIFFRACTION95
2.72-2.890.25421430.23426174X-RAY DIFFRACTION95
2.89-3.110.2511500.22756168X-RAY DIFFRACTION94
3.11-3.420.241430.21236183X-RAY DIFFRACTION94
3.42-3.910.25011480.19176077X-RAY DIFFRACTION93
3.91-4.920.19881400.17876121X-RAY DIFFRACTION93
4.92-19.80.21741430.20836156X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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