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- PDB-8fxf: Crystal structure of the coiled-coil domain of TRIM56 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fxf
タイトルCrystal structure of the coiled-coil domain of TRIM56
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
キーワードLIGASE / Ubiquitination / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression of viral release by host / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / host-mediated suppression of symbiont invasion / response to type I interferon / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity ...suppression of viral release by host / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / host-mediated suppression of symbiont invasion / response to type I interferon / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / defense response to virus / innate immune response / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. ...: / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lou, X.H. / Ma, B.B. / Zhuang, Y. / Li, X.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI080779 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155488 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: TRIM56 coiled-coil domain structure provides insights into its E3 ligase functions.
著者: Lou, X. / Ma, B. / Zhuang, Y. / Xiao, X. / Minze, L.J. / Xing, J. / Zhang, Z. / Li, X.C.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3605
ポリマ－40,1214
非ポリマー2381
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS was used to confirm the tetramer existed in the crystallographic packing.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.679, 136.679, 65.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56 / Tripartite motif-containing protein 56


分子量: 10030.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trim56 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80VI1, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 10% Glycerol, 5% PEG3000, 30%PEG400, 0.1M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48 Å / Num. obs: 14908 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 2153 / CC1/2: 0.678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UG2

7ug2


解像度: 2.8→44.655 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.316 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 753 5.052 %
Rwork0.2194 14151 -
all0.222 --
obs-14904 99.228 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 102.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.489 Å20 Å20 Å2
2--1.489 Å20 Å2
3----2.979 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 15 0 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.6423333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5625320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.619528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.45710502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.60410125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3070.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2870.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.2869.9511268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.13514.921586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.47310.4931205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.69415.3871745
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it22.356208.04210098
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.8-2.8720.395730.37810120.37911060.8950.90898.10130.378
2.872-2.9510.389440.34910180.3510620.8850.9181000.332
2.951-3.0360.359460.3189890.31910380.9330.93399.7110.308
3.036-3.1290.467460.3049590.31110090.8810.94399.60360.284
3.129-3.2310.378400.2889340.2919800.9160.95399.38780.273
3.231-3.3440.252460.2768990.2759520.9720.95699.26470.258
3.344-3.4690.303560.2468590.259190.9490.96799.56470.23
3.469-3.610.32530.2458320.2498950.9350.96698.88270.231
3.61-3.7690.309460.2257870.2298470.9490.9798.34710.218
3.769-3.9520.202390.2047680.2048100.9720.97599.62960.2
3.952-4.1640.232360.1947260.1967630.9650.97899.86890.197
4.164-4.4140.233330.2047100.2057470.9660.97799.46450.218
4.414-4.7160.225230.1856500.1866780.9750.98199.26250.2
4.716-5.0890.209440.2076050.2076590.9720.97698.48260.222
5.089-5.5670.367290.2665450.2715800.9290.95798.96550.276
5.567-6.2120.406340.2845090.295430.9040.9541000.287
6.212-7.150.22210.2384620.2374850.9750.9799.58760.272
7.15-8.7020.195160.153930.1514120.980.98899.27180.193
8.702-12.0790.221210.1352990.143280.9750.99197.5610.188
12.079-44.6550.16670.2271950.2252030.9860.97199.50740.272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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