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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fxd | |||||||||
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タイトル | Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound | |||||||||
要素 | Rubrerythrin | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / metalloprotein / oxidative stress / non-heme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound 著者: Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fxd.cif.gz | 343.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fxd.ent.gz | 270.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fxd_validation.pdf.gz | 493.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fxd_full_validation.pdf.gz | 497.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fxd_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fxd_validation.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18655.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BURPS1710b_A0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK21 #2: 化合物 | ChemComp-PEG / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.138 M Li2SO4, 0.92 M BTP, pH 8, 22.08% PEG 3350, 0.8 mM MnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→29.14 Å / Num. obs: 108953 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.692 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. unique obs: 5450 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.807 / Rrim(I) all: 1.161 / % possible all: 59.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.824 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.178 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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