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- PDB-8fxd: Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fxd
タイトルRubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound
要素Rubrerythrin
キーワードOXIDOREDUCTASE / metalloprotein / oxidative stress / non-heme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Rubrerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI1231306 米国
Other privateSkarlow Foundation
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound
著者: Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
M: Rubrerythrin
S: Rubrerythrin
Y: Rubrerythrin
5: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,33425
ポリマ－111,9326
非ポリマー1,40219
水15,745874
1
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8499
ポリマ－37,3112
非ポリマー5387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
2
M: Rubrerythrin
S: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6377
ポリマ－37,3112
非ポリマー3265
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
3
Y: Rubrerythrin
5: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8499
ポリマ－37,3112
非ポリマー5387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.874, 201.874, 69.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Rubrerythrin


分子量: 18655.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: BURPS1710b_A0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK21
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.138 M Li2SO4, 0.92 M BTP, pH 8, 22.08% PEG 3350, 0.8 mM MnCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→29.14 Å / Num. obs: 108953 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.58→1.692 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. unique obs: 5450 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.807 / Rrim(I) all: 1.161 / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.824 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1755 5467 5.018 %
Rwork0.1477 103486 -
all0.149 --
obs-108953 93.7 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.003 Å20.001 Å2-0 Å2
2--0.003 Å20 Å2
3----0.008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6443 0 49 874 7366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.669058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5481.57913850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.575855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.713543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.738101076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.93810360
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21668
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.25282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.23386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.23495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3430.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1230.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8241.8053348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.821.8043348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5333.2274185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5363.2274186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6292.2553358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6282.2563359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8233.94859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8223.9014860
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.8219.4618353
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.57818.0698059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.306290.271333X-RAY DIFFRACTION3.4235
1.62-1.6650.2771350.2752453X-RAY DIFFRACTION24.959
1.665-1.7130.2932390.2544429X-RAY DIFFRACTION46.4616
1.713-1.7650.2562800.2295393X-RAY DIFFRACTION57.67
1.765-1.8230.2473430.2145966X-RAY DIFFRACTION66.6843
1.823-1.8870.2223440.1976545X-RAY DIFFRACTION75.4132
1.887-1.9580.2353590.197119X-RAY DIFFRACTION84.3732
1.958-2.0370.214230.1887582X-RAY DIFFRACTION93.7354
2.037-2.1270.1843720.1647744X-RAY DIFFRACTION99.6929
2.127-2.230.1753700.1497430X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.1674480.1376957X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.4920.1763660.1346687X-RAY DIFFRACTION100
2.492-2.6630.1723520.1286243X-RAY DIFFRACTION100
2.663-2.8740.1612690.1275889X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.1450.1682680.1425391X-RAY DIFFRACTION100
3.145-3.5110.172420.1434861X-RAY DIFFRACTION100
3.511-4.0450.1342160.1244336X-RAY DIFFRACTION100
4.045-4.930.1251710.1093666X-RAY DIFFRACTION100
4.93-6.8750.1691600.1472825X-RAY DIFFRACTION100
6.875-29.140.163810.1351640X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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