PDB-8fxd: Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fxd

タイトル

Rubrerythrin from B. pseudomallei: manganese-bound

要素

Rubrerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / metalloprotein / oxidative stress / non-heme

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Burkholderia pseudomallei rubrerythrin promiscuously binds metals in a structurally pre-formed bimetallic binding site.
著者: Budziszewski, G.R. / Lynch, M.L. / Snell, M.E. / Monteiro, D.C. / Bowman, S.E.

履歴

登録	2023年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fxd.cif.gz	343.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fxd.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fxd_validation.pdf.gz	493.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fxd_full_validation.pdf.gz	497.3 KB	表示
XML形式データ	8fxd_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	8fxd_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fuhC 8fvvC 9onmC 9onnC 9onoC 9onqC 9onrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rubrerythrin

B: Rubrerythrin

M: Rubrerythrin

S: Rubrerythrin

Y: Rubrerythrin

5: Rubrerythrin

ヘテロ分子

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rubrerythrin

B: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Rubrerythrin

S: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

Y: Rubrerythrin

5: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.874, 201.874, 69.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Rubrerythrin 分子量: 18655.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BURPS1710b_A0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK21
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.138 M Li2SO4, 0.92 M BTP, pH 8, 22.08% PEG 3350, 0.8 mM MnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→29.14 Å / Num. obs: 108953 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.58→1.692 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.833 / Num. unique obs: 5450 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.807 / R_rim(I) all: 1.161 / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→29.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.824 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1755	5467	5.018 %
R_work	0.1477	103486	-
all	0.149	-	-
obs	-	108953	93.7 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.178 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0.001 Å²	-0 Å²
2-	-	0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6443	0	49	874	7366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6706
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.66	9058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.548	1.579	13850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.57	5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.713	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.738	10	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.938	10	360
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	5282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	3495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.38	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.343	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.824	1.805	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.82	1.804	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.533	3.227	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.536	3.227	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.629	2.255	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.628	2.256	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.823	3.9	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.822	3.901	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.82	19.461	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.578	18.069	8059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.62	0.306	29	0.271	333	X-RAY DIFFRACTION	3.4235
1.62-1.665	0.277	135	0.275	2453	X-RAY DIFFRACTION	24.959
1.665-1.713	0.293	239	0.254	4429	X-RAY DIFFRACTION	46.4616
1.713-1.765	0.256	280	0.229	5393	X-RAY DIFFRACTION	57.67
1.765-1.823	0.247	343	0.214	5966	X-RAY DIFFRACTION	66.6843
1.823-1.887	0.222	344	0.197	6545	X-RAY DIFFRACTION	75.4132
1.887-1.958	0.235	359	0.19	7119	X-RAY DIFFRACTION	84.3732
1.958-2.037	0.21	423	0.188	7582	X-RAY DIFFRACTION	93.7354
2.037-2.127	0.184	372	0.164	7744	X-RAY DIFFRACTION	99.6929
2.127-2.23	0.175	370	0.149	7430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.35	0.167	448	0.137	6957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.492	0.176	366	0.134	6687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.663	0.172	352	0.128	6243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.663-2.874	0.161	269	0.127	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.874-3.145	0.168	268	0.142	5391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.145-3.511	0.17	242	0.143	4861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.511-4.045	0.134	216	0.124	4336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.045-4.93	0.125	171	0.109	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.875	0.169	160	0.147	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
6.875-29.14	0.163	81	0.135	1640	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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