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- PDB-8fwx: Apo crystal structure of beluga whale Gammacoronavirus SW1 Mpro -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fwx
タイトルApo crystal structure of beluga whale Gammacoronavirus SW1 Mpro
要素Main Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding ...host cell membrane / viral genome replication / transferase activity / omega peptidase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus ...Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ORF 1a polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Beluga whale coronavirus SW1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ornelas, E. / Knapp, M.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Inhibitor-Bound Main Protease from Delta- and Gamma-Coronaviruses.
著者: Zvornicanin, S.N. / Shaqra, A.M. / Huang, Q.J. / Ornelas, E. / Moghe, M. / Knapp, M. / Moquin, S. / Dovala, D. / Schiffer, C.A. / Kurt Yilmaz, N.
履歴
登録2023年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Main Protease
B: Main Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4186
ポリマ－67,0242
非ポリマー3944
水3,045169
1
A: Main Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7043
ポリマ－33,5121
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Main Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7143
ポリマ－33,5121
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.864, 136.062, 49.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

HOH

21B-549-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 22 or resid 24...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAHISHISAA1 - 221 - 22
d_12ASNASNALAALAAA24 - 10324 - 103
d_13ILEILEGLUGLUAA105 - 291105 - 291
d_14ILEILELEULEUAA293 - 302293 - 302
d_21ALAALAHISHISBB1 - 221 - 22
d_22ASNASNALAALABB24 - 10324 - 103
d_23ILEILEGLUGLUBB105 - 291105 - 291
d_24ILEILELEULEUBB293 - 302293 - 302

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要素

#1: タンパク質 Main Protease / ORF 1a polyprotein


分子量: 33512.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beluga whale coronavirus SW1 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2BW32
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→70.59 Å / Num. obs: 32590 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 38.46 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Num. measured all: 16496 / Num. unique obs: 2667 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.448 / Rrim(I) all: 1.124 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→68.03 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.54
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 1628 5 %RANDOM
Rwork0.1986 30903 --
obs0.2006 32531 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→68.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4571 0 22 169 4762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60056470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.46311604
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.734287177133 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.180.35051610.29772473X-RAY DIFFRACTION98.21
2.18-2.250.34451160.31212517X-RAY DIFFRACTION99.7
2.25-2.330.32411330.27682538X-RAY DIFFRACTION99.9
2.33-2.420.32791160.26182554X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.530.31791360.24572562X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.670.26011480.23222541X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.840.27071380.22952556X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.050.25741360.22182560X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.360.24461420.20312584X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.850.2131210.1782621X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.850.19121470.14952618X-RAY DIFFRACTION100
4.85-68.030.19691340.16932779X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35765891924-1.09901558248-1.626416558911.12470243835-0.5589412508793.692926078110.2384467020190.2063218037561.19119058216-0.2285888033250.151531708523-0.5875624572430.02258838971680.07878479013-0.4171576220970.4067929039570.01945753620830.0956423997120.3281338006250.004572736257250.73675912449233.753588956820.89940695515.82497233281
23.24967388762-1.6264639291-0.8758459286722.278538595070.7535621803081.917028196910.4563312752710.4307585875341.25806136595-0.6485726206920.0845670441643-0.747712836751-0.3382661110480.230413827582-0.3409011510050.4767179732560.03205041692520.2543238283480.4901129700990.05266850410140.77327878064345.485168107917.095449747-4.53967505848
33.76307431806-1.34922956311-1.723880364042.503706896790.9480967942722.07924960710.04375070331870.126461619570.356495469344-0.1374701717160.138251469204-0.2204746399190.0658056328516-0.0821816364578-0.1989725124850.2982327404240.02852459659040.02771143586620.306026101754-0.002865017867370.23534000402233.159158952811.58273744892.71206539536
42.23407288486-1.30273503030.0247751669541.925832316260.6613299048090.728416800393-0.488642243873-0.113826713463-0.4842009552350.3192902369920.1282482224070.3198812526080.917602341211-0.1116669491080.2061637433950.540442279339-0.01993290966810.07890509722910.2874370122080.003607601862970.31636666960822.0201415512-0.58302037269115.4202485687
52.31066430394-0.941014201327-0.6792542568120.8494094490170.3273351486181.91695677711-0.42373281602-0.339960021538-0.7692602843180.6386469164730.159546883492-0.04543124857310.7894298809190.1641469301450.3030815563990.7315097215420.1091858963480.156388156470.366713939980.06524012974060.42891791446124.5484038391-6.1366723131722.0737886171
61.52575347354-0.95699253772-1.08966143241.52085448104-0.1587283093922.44889568594-0.239886705544-0.145091312972-0.228918317880.108522148241-0.02306813696490.1145578656260.442530088425-0.1989825134150.1938363559590.444000082710.04048180895120.0503682326920.3463012031050.01451753593180.23435986436719.62072386035.2993286887320.3528881203
71.68422399172-0.3687198978980.04105297580922.151336530791.65022678514.135631988130.089383100467-0.2389564845560.5947023746140.02843241648680.188114256743-0.781800350337-0.157836920106-0.320984189885-0.2950245094550.2882773048360.0371014604914-0.08091824880970.35217763326-0.1089392928570.55170198711127.96688523226.73700442116.6753693781
81.865945428080.598068307437-0.1211523190731.214726265760.01957893298311.715488790840.171787741834-1.095920663041.305637791880.4881017096970.508624727457-0.803509993870.1587169075830.110057079941-0.1449084321750.4312856977220.0202404777609-0.08678195229190.524888288835-0.4827666433610.93733505319126.337315096637.953649771932.2029022894
90.9643012675150.681680267804-0.5893455340151.322400903790.5398166405051.513045020620.107295888960.09525851091990.942690332903-0.3955126240660.353616153859-0.633417114321-0.495288112423-0.0386405694085-0.07920736311530.3496558710.09242890321460.06114156823070.153666477322-0.2323154742031.0571850439523.952372400740.200342438921.1506933642
103.6932550401-0.924574486438-0.2194883571362.255440509870.9118905213361.52236273005-0.0276055229119-0.1820796081620.3585094927070.1325547410970.109650698335-0.2566844749950.03018883058770.0338064475493-0.07732070575380.3125026279870.0100821386792-0.03035842780330.25829070124-0.04614929502880.31393448705818.700821577726.966464595719.7571328932
110.0640967371435-0.09538155724250.007094917779380.124296875014-0.03776160003460.2368618593-0.0793747347257-0.5127574886370.08686061916470.3015899395210.241407897623-0.1711808725480.034319200551-0.767146006177-0.1574035928060.4601087442210.0541631235083-0.03007783428890.677652203038-0.07636926160740.3391804768916.2253203190424.417869317827.2433699405
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131.38692546778-1.179249886630.637074505832.132583124660.5646127999621.27628938378-0.02455032447750.172080178862-0.0471563832337-0.0526582886205-0.04033636952730.3355555004340.07855027120450.103639766480.1087580014710.3022136191220.03998995123650.007477999696040.385400354437-0.03385968911450.24404923647111.729197429913.65246019972.25332096505
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 24 )AA1 - 241 - 24
22chain 'A' and (resid 25 through 107 )AA25 - 10725 - 107
33chain 'A' and (resid 108 through 182 )AA108 - 182108 - 182
44chain 'A' and (resid 183 through 226 )AA183 - 226183 - 226
55chain 'A' and (resid 227 through 269 )AA227 - 269227 - 269
66chain 'A' and (resid 270 through 302 )AA270 - 302270 - 302
77chain 'B' and (resid 1 through 24 )BB1 - 241 - 24
88chain 'B' and (resid 25 through 73 )BB25 - 7325 - 73
99chain 'B' and (resid 74 through 107 )BB74 - 10774 - 107
1010chain 'B' and (resid 108 through 182 )BB108 - 182108 - 182
1111chain 'B' and (resid 183 through 197 )BB183 - 197183 - 197
1212chain 'B' and (resid 198 through 269 )BB198 - 269198 - 269
1313chain 'B' and (resid 270 through 302 )BB270 - 302270 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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