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万見
- PDB-8fwd: Fast and versatile sequence- independent protein docking for nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fwd
タイトルFast and versatile sequence- independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock
要素
  • O43-rpxdoc-EK1_A
  • O43-rpxdoc-EK1_B
キーワードDE NOVO PROTEIN / octahedra / oligomer / de novo design / rosetta / cryoEM / interface
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Skotheim, R. / Borst, A.J. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: PLoS Comput Biol / 年: 2023
タイトル: Fast and versatile sequence-independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock.
著者: William Sheffler / Erin C Yang / Quinton Dowling / Yang Hsia / Chelsea N Fries / Jenna Stanislaw / Mark D Langowski / Marisa Brandys / Zhe Li / Rebecca Skotheim / Andrew J Borst / Alena ...著者: William Sheffler / Erin C Yang / Quinton Dowling / Yang Hsia / Chelsea N Fries / Jenna Stanislaw / Mark D Langowski / Marisa Brandys / Zhe Li / Rebecca Skotheim / Andrew J Borst / Alena Khmelinskaia / Neil P King / David Baker /
要旨: Computationally designed multi-subunit assemblies have shown considerable promise for a variety of applications, including a new generation of potent vaccines. One of the major routes to such ...Computationally designed multi-subunit assemblies have shown considerable promise for a variety of applications, including a new generation of potent vaccines. One of the major routes to such materials is rigid body sequence-independent docking of cyclic oligomers into architectures with point group or lattice symmetries. Current methods for docking and designing such assemblies are tailored to specific classes of symmetry and are difficult to modify for novel applications. Here we describe RPXDock, a fast, flexible, and modular software package for sequence-independent rigid-body protein docking across a wide range of symmetric architectures that is easily customizable for further development. RPXDock uses an efficient hierarchical search and a residue-pair transform (RPX) scoring method to rapidly search through multidimensional docking space. We describe the structure of the software, provide practical guidelines for its use, and describe the available functionalities including a variety of score functions and filtering tools that can be used to guide and refine docking results towards desired configurations.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: O43-rpxdoc-EK1_A
1: O43-rpxdoc-EK1_B
2: O43-rpxdoc-EK1_A
3: O43-rpxdoc-EK1_B
4: O43-rpxdoc-EK1_A
5: O43-rpxdoc-EK1_B
6: O43-rpxdoc-EK1_A
7: O43-rpxdoc-EK1_B
8: O43-rpxdoc-EK1_A
9: O43-rpxdoc-EK1_B
A: O43-rpxdoc-EK1_B
B: O43-rpxdoc-EK1_A
C: O43-rpxdoc-EK1_B
D: O43-rpxdoc-EK1_A
E: O43-rpxdoc-EK1_B
F: O43-rpxdoc-EK1_A
G: O43-rpxdoc-EK1_B
H: O43-rpxdoc-EK1_A
I: O43-rpxdoc-EK1_B
J: O43-rpxdoc-EK1_A
K: O43-rpxdoc-EK1_B
L: O43-rpxdoc-EK1_A
M: O43-rpxdoc-EK1_B
N: O43-rpxdoc-EK1_A
O: O43-rpxdoc-EK1_B
P: O43-rpxdoc-EK1_A
Q: O43-rpxdoc-EK1_B
R: O43-rpxdoc-EK1_A
S: O43-rpxdoc-EK1_B
T: O43-rpxdoc-EK1_A
U: O43-rpxdoc-EK1_B
V: O43-rpxdoc-EK1_A
W: O43-rpxdoc-EK1_B
X: O43-rpxdoc-EK1_A
Y: O43-rpxdoc-EK1_B
Z: O43-rpxdoc-EK1_A
a: O43-rpxdoc-EK1_B
b: O43-rpxdoc-EK1_A
c: O43-rpxdoc-EK1_B
d: O43-rpxdoc-EK1_A
e: O43-rpxdoc-EK1_B
f: O43-rpxdoc-EK1_A
g: O43-rpxdoc-EK1_B
h: O43-rpxdoc-EK1_A
i: O43-rpxdoc-EK1_B
j: O43-rpxdoc-EK1_A
k: O43-rpxdoc-EK1_B
l: O43-rpxdoc-EK1_A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,005,42848
ポリマ－1,005,42848
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, nsEM, cryoEM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
O43-rpxdoc-EK1_A


分子量: 26624.115 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 ...
O43-rpxdoc-EK1_B


分子量: 15268.709 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: O43-rpxdock-EK1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 771134
3次元再構成解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130778 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00343632
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49959112
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.69315864
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0316840
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0037608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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