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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fw8 | ||||||
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タイトル | MtrR from Neisseria gonorrhoeae bound to Progesterone | ||||||
要素 | HTH-type transcriptional regulator MtrR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / HTH / regulator / hormone / induction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Hooks, G.H. / Brennan, R.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Hormonal steroids induce multidrug resistance and stress response genes in Neisseria gonorrhoeae by binding to MtrR. 著者: Hooks, G.M. / Ayala, J.C. / Holley, C.L. / Dhulipala, V. / Beggs, G.A. / Perfect, J.R. / Schumacher, M.A. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fw8.cif.gz | 312.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fw8.ent.gz | 254.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fw8_validation.pdf.gz | 738.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fw8_full_validation.pdf.gz | 745.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fw8_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fw8_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/8fw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/8fw8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fw0SC 8fw3C 8sshC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24501.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: mtrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39897 #2: 化合物 | ChemComp-CXS / | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1200 mM Sodium phosphate monobasic/800 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM CAPS/Sodium hydroxide pH 10.5, 200 mM Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→48.01 Å / Num. obs: 44481 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 55.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.4 Å / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.886 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8FW0 解像度: 2.31→48.01 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 29.266 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.2965 Å / Origin y: -17.0617 Å / Origin z: -23.529 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |