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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fw7 | ||||||
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タイトル | Histone from Bdellovibrio bacteriovorus bound to dsDNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Histone / nucleosome / scaffold / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone-fold / protein heterodimerization activity / DNA / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laursen, S.P. / Luger, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Histones with an unconventional DNA-binding mode in vitro are major chromatin constituents in the bacterium Bdellovibrio bacteriovorus. 著者: Hocher, A. / Laursen, S.P. / Radford, P. / Tyson, J. / Lambert, C. / Stevens, K.M. / Montoya, A. / Shliaha, P.V. / Picardeau, M. / Sockett, R.E. / Luger, K. / Warnecke, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fvxC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 861.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 6994.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Bd0055 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 572.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The authors state that the complex was crystallized with 35 bp of dsDNA ...The authors state that the complex was crystallized with 35 bp of dsDNA (TCTTGCACTA | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 % / 解説: Cubic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 550 MME, 50 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.79 Å / Num. obs: 13147 / % possible obs: 98.37 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06045 / Rpim(I) all: 0.0249 / Rrim(I) all: 0.06554 / Net I/σ(I): 16.49 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5857 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.908 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.2299 / Rrim(I) all: 0.6299 / % possible all: 97.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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