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- PDB-8fw7: Histone from Bdellovibrio bacteriovorus bound to dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fw7
タイトルHistone from Bdellovibrio bacteriovorus bound to dsDNA
要素
  • CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
  • DNA (5'-D(P*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Histone / nucleosome / scaffold / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone-fold / protein heterodimerization activity / DNA / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laursen, S.P. / Luger, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Histones with an unconventional DNA-binding mode in vitro are major chromatin constituents in the bacterium Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Hocher, A. / Laursen, S.P. / Radford, P. / Tyson, J. / Lambert, C. / Stevens, K.M. / Montoya, A. / Shliaha, P.V. / Picardeau, M. / Sockett, R.E. / Luger, K. / Warnecke, T.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
D: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
H: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4234
ポリマ－15,4234
非ポリマー00
水93752
1
A: DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
D: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
H: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
D: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
H: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
D: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
H: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*AP*T)-3')

A: DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')
D: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
H: CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,69116
ポリマ－61,69116
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.081, 103.143, 111.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*T)-3')


分子量: 861.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 CBFD_NFYB_HMF domain-containing protein


分子量: 6994.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd0055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MRM1
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*T)-3')


分子量: 572.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The authors state that the complex was crystallized with 35 bp of dsDNA ...The authors state that the complex was crystallized with 35 bp of dsDNA (TCTTGCACTAAGAGCTACTGGAGTGCGTCAGATGT). The continuous helix can be built using crystallographic symmetry of 5 ambiguous bases.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 550 MME, 50 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.79 Å / Num. obs: 13147 / % possible obs: 98.37 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06045 / Rpim(I) all: 0.0249 / Rrim(I) all: 0.06554 / Net I/σ(I): 16.49
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5857 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.908 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.2299 / Rrim(I) all: 0.6299 / % possible all: 97.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.79 Å / SU ML: 0.2063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 1317 10.03 %
Rwork0.2217 11819 -
obs0.2249 13136 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数952 99 0 52 1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00761061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91921434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0867184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8815170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.26261530.23021292X-RAY DIFFRACTION98.1
2.08-2.170.29421290.23781308X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.290.29231460.22911293X-RAY DIFFRACTION98.63
2.29-2.430.28381440.24211299X-RAY DIFFRACTION99.04
2.43-2.620.29491480.2491302X-RAY DIFFRACTION99.38
2.62-2.880.26351460.2451332X-RAY DIFFRACTION99.53
2.88-3.30.27451480.24731319X-RAY DIFFRACTION98.92
3.3-4.150.25681490.21351328X-RAY DIFFRACTION98.01
4.16-27.790.21981540.19881346X-RAY DIFFRACTION94.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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