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- PDB-8fw4: Crystal structure of the adenosylcobalamin riboswitch holo confor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fw4
タイトルCrystal structure of the adenosylcobalamin riboswitch holo conformation in absence of ligand
要素RNA (210-MER)
キーワードRNA / riboswitch / cobalamin / aptamer
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Wang, Y.-X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of cobalamin ribositch in holo conformation without ligand
著者: Ding, J. / Stagno, J.R.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: RNA (210-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2982
ポリマ－68,2741
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.124, 243.844, 84.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Z-301-

MG

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要素

#1: RNA鎖 RNA (210-MER)


分子量: 68273.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 % / 解説: Monomer
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: RNA buffer: 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2; Crystallization Buffer: Molecular Dimensions Morpheus screen: 0.1 M Buffer System 1, pH 6.5, 30% Precipitant Mix 1, 0.1 M Carboxylic acids

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.60747 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60747 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→41.78 Å / Num. obs: 6528 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 256.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 5.62
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
4.3-4.413.5894920.3233.971
4.41-4.532.5694780.172.8471
4.53-4.662.2254520.3122.4691
4.66-4.812.6934510.5072.9551
4.81-4.972.1744380.5032.3961
4.97-5.141.734130.5921.9081
5.14-5.331.3094160.6451.4451
5.33-5.551.0833870.7661.2011
5.55-5.80.7113580.8580.791
5.8-6.080.6033640.9520.6671
6.08-6.410.4013260.9790.4461
6.41-6.80.3123230.980.3471
6.8-7.270.2682930.9870.2971
7.27-7.850.1662770.9870.1841
7.85-8.60.1062660.9960.1171
8.6-9.620.0912220.9940.1011
9.62-11.10.0721960.9950.081
11.1-13.60.0611710.9960.0671
13.6-19.230.0591360.9960.0651
19.23-41.780.048690.9980.0541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.3→41.78 Å / SU ML: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 54.8899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 302 4.65 %
Rwork0.2626 6198 -
obs0.2644 6500 91.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 312.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3990 1 0 3991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71496966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.00552208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3-5.420.48871440.44193132X-RAY DIFFRACTION94.38
5.42-41.780.26531580.22863066X-RAY DIFFRACTION89.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.07191949843-5.7004695665-2.194583552656.510994058082.236007444761.37682571096-0.767404927286-1.71337486421-2.10684393265-0.7687335901142.15358532116-0.342477051208-1.79903140077-1.13009649199-0.4208600235846.57068984785-0.368025857246-0.3386948514118.007934204941.309928269873.14687147286151.755457377258.768039127.1341604622
23.79047820581-1.35742618549-1.700969026190.8042969122170.8634965618935.056204048870.3685089676190.385472568342-0.115521518242-1.50939771764-0.120859915828-0.00309872192332-0.8925385736690.641243583652-0.0005439575943053.288544607940.2010716896460.2739244689942.83645837959-0.07927309678513.33463245306100.303776167279.54157253821.4688891458
31.997785689775.18838312371-9.092101270932.7156744226-4.173246009947.98948133868-3.765268710130.6919147764776.51037644092-3.95520243936-0.6018653639140.6190227550342.599092069440.723352498701-1.127919955424.402950056161.79554195623-0.7437789891656.488735206960.1260559540353.35098893288139.684218794257.17571157728.1934883972
40.3267837970160.0955826730602-0.2986620892490.0891011866032-0.02723752371190.352760113172-1.30889558411-0.8336810813080.571397063858-0.7471592640150.4627256576450.07695618247650.532152109078-1.0733137663-5.263528443929.358208839290.400110892401-3.178007680443.56438736668-0.1276187884423.41293817171120.909183321238.34472591530.9369663267
57.948805124435.85395955845-0.5588209632014.75374821327-0.2960098292690.0538842413882-0.507018623325-0.733430594968-4.910395863473.22247291587-0.144516934059-3.72692044134-3.569914927930.177919089186-0.1885229002344.44299529640.396574679212-0.8059419704033.324225471630.3807605073023.33678008743109.443639939250.50339663931.6103964426
61.73834112401-0.475977573893-1.744535940921.57102752827-0.06651718567281.96100721888-2.130746494551.53369738036-1.63405039241-0.208983243134-1.62167003416-0.9385369478610.982603880864-0.436938307334-0.2588517907266.83295749730.646999601017-2.718056250364.22827879752-0.4361451385797.06421657076127.386622857240.85210079635.8456916394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain Z and resid 3:6)ZA3 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2(chain Z and resid 7:172)ZA7 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3(chain Z and resid 173:179)ZA173 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4(chain Z and resid 185:189)ZA185 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5(chain Z and resid 190:205)ZA190 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6(chain Z and resid 206:209)ZA206 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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