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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fw3 | ||||||
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タイトル | MtrR from Neisseria gonorrhoeae bound to Testosterone | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator MtrR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / HTH / regulator / hormone / induction | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hooks, G.H. / Brennan, R.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hormonal steroids induce multidrug resistance and stress response genes in Neisseria gonorrhoeae by binding to MtrR. 著者: Hooks, G.M. / Ayala, J.C. / Holley, C.L. / Dhulipala, V. / Beggs, G.A. / Perfect, J.R. / Schumacher, M.A. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 376.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 258.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fw0SC ![]() 8fw8C ![]() 8sshC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24689.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TES / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1200 mM Sodium phosphate monobasic/800 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM CAPS/Sodium hydroxide pH 10.5, 200 mM Lithium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97864 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→48.37 Å / Num. obs: 51794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 52.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.29 Å / Num. unique obs: 4520 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8FW0 解像度: 2.22→48.37 Å / SU ML: 0.3076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.3452 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→48.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -31.3055719447 Å / Origin y: -15.1283573794 Å / Origin z: -23.8158220809 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |