PDB-8fuy: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fascic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fuy

タイトル

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fasciculata (citrate bound)

要素

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Crithidia fasciculata (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (G6PDH) from Crithidia fasciculata (citrate bound)
著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fuy.cif.gz	398 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fuy.ent.gz	327.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fuy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fuy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.510, 124.906, 161.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase 分子量: 64601.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / プラスミド: CrfaA.01031.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG3350, 0.2M diammonium citrate, 0.1M citrate. Tray: Liu-S-062 well C9, Puck: PSL1007, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→161.99 Å / Num. obs: 45597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 528095
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 1.528 / Num. measured all: 40453 / Num. unique obs: 3324 / CC_1/2: 0.832 / R_pim(I) all: 0.454 / R_rim(I) all: 1.595 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→43.55 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	2182	4.8 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.204	45475	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7583	0	54	10	7647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7793
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	10550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.311	2886
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.5	0.2915	129	0.2712	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.56	0.3329	133	0.2843	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.3443	123	0.2911	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.7	0.2841	106	0.2772	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.3373	111	0.2543	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.87	0.2518	149	0.2413	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.97	0.2723	130	0.2519	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.09	0.2821	146	0.2484	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.23	0.3097	154	0.2633	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.4	0.2819	138	0.2372	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.61	0.23	143	0.21	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.89	0.2299	146	0.2016	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.28	0.2018	127	0.1757	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.28-4.9	0.1785	156	0.1547	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-6.17	0.2332	129	0.1922	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
6.17-43.55	0.173	162	0.1699	2801	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8941	0.8895	-0.0821	3.7975	0.5125	5.1216	0.3657	-0.7425	0.0019	0.8373	-0.4181	0.1173	0.749	-0.4979	0.0707	1.004	-0.1815	0.0234	0.9439	0.0349	0.499	-2.1029	44.0803	12.6124
2	1.6048	0.6107	-0.4373	1.002	-0.3153	2.5956	-0.1531	-0.3453	-0.3391	0.0349	-0.1469	-0.0836	0.6621	0.0898	0.2006	0.7041	0.0728	0.1042	0.4167	0.1145	0.5042	2.529	33.4185	-17.5646
3	4.379	0.3604	-1.7921	5.2281	0.0544	6.0316	-0.2228	-0.7225	-0.7156	-0.1208	-0.8897	-1.0728	1.0086	1.3845	0.7764	0.591	0.2799	0.2625	1.0539	0.3503	1.0954	47.2493	49.5318	-48.9186
4	1.1028	-0.4443	1.7316	1.4825	-0.8986	3.6937	-0.4001	-0.0424	-0.1992	-0.2641	-0.5879	-1.1023	-0.1176	1.1612	0.9805	0.6232	0.2164	0.1966	1.4785	0.4665	1.2279	55.2783	54.5519	-49.6601
5	3.9227	0.1607	-1.2123	3.0494	-0.4018	3.8452	-0.0947	0.7799	-0.0514	-0.8966	-0.3588	-0.927	0.509	0.507	0.3795	0.7202	0.0524	0.2716	0.95	0.1434	0.8173	43.8126	56.1999	-63.6334
6	1.8864	0.6618	-1.2433	2.2021	-0.3045	2.0562	-0.1737	0.1055	-0.022	-0.2247	-0.01	-0.2445	0.0668	0.3562	0.2241	0.4448	0.0382	-0.0061	0.5725	0.0536	0.4443	22.5928	55.4253	-45.4111
7	2.197	-0.3407	-0.4019	2.492	-0.4782	3.7734	-0.13	0.3715	0.49	-0.0159	0.0415	-0.5262	-0.2113	0.9831	0.0255	0.357	-0.0267	0.0126	0.6587	0.1367	0.6055	27.5351	66.3839	-45.6686
8	2.8967	0.7003	-0.2796	2.8554	-0.3417	2.6804	-0.1068	0.1283	0.4316	-0.0212	-0.0728	-0.1827	-0.4015	0.4363	0.1229	0.3738	-0.0656	-0.0691	0.468	0.0944	0.4921	21.9062	71.0927	-42.5265
9	4.2204	0.3572	-0.4341	3.6006	-1.321	3.9326	-0.1084	-0.6695	-0.0983	0.5247	-0.1555	-0.0684	-0.0717	0.3027	0.2259	0.5108	0.0196	-0.0485	0.4276	0.0048	0.4295	10.4425	57.1989	-23.1263
10	3.4871	-0.1791	-2.2841	1.1828	0.3607	2.5059	-0.2169	0.2105	-0.0766	-0.1808	-0.0744	-0.2702	0.0767	0.5305	0.2636	0.3952	-0.0589	-0.0258	0.608	0.052	0.5101	26.2755	60.7002	-47.2912
11	6.2675	1.3203	0.374	3.2513	0.8858	3.6861	0.2403	-0.836	0.5768	0.7723	-0.2725	0.1057	-0.2877	0.1614	0.0082	0.7257	-0.066	-0.064	0.4484	-0.0706	0.7169	17.793	78.5488	-34.436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 204 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 205 through 550 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 56 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 98 through 156 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 157 through 236 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 237 through 286 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 287 through 328 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 329 through 418 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 419 through 461 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 462 through 520 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 521 through 550 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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