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- PDB-8fur: Crystal structure of human IDO1 with compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fur
タイトルCrystal structure of human IDO1 with compound 11
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Indoleamine-2 / 3-dioxygenase / tryptophan catabolism / kynurenine / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / positive regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y9X / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Critton, D.A. / Lewis, H.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Synthesis and biological evaluation of biaryl alkyl ethers as inhibitors of IDO1.
著者: Markwalder, J.A. / Balog, A.J. / Williams, D.K. / Nara, S.J. / Reddy, R. / Roy, S. / Kanyaboina, Y. / Li, X. / Johnston, K. / Fan, Y. / Lewis, H. / Marsilio, F. / Yan, C. / Critton, D. / ...著者: Markwalder, J.A. / Balog, A.J. / Williams, D.K. / Nara, S.J. / Reddy, R. / Roy, S. / Kanyaboina, Y. / Li, X. / Johnston, K. / Fan, Y. / Lewis, H. / Marsilio, F. / Yan, C. / Critton, D. / Newitt, J.A. / Traeger, S.C. / Wu, D.R. / Jure-Kunkel, M.N. / Jayaraman, L. / Lin, T.A. / Sinz, M.W. / Hunt, J.T. / Seitz, S.P.
履歴
登録2023年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,5488
ポリマ－182,6664
非ポリマー1,8824
水5,711317
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2744
ポリマ－91,3332
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2744
ポリマ－91,3332
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.882, 120.287, 100.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45666.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-Y9X / N-(4-methylphenyl)-N'-[(1P,2'P)-4-propoxy-5-propyl-2'-(1H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl]urea


分子量: 470.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 21% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.285→19.76 Å / Num. obs: 54213 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.285→2.62 Å / 冗長度: 3.03 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2708 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 45.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.285→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.844 / SU Rfree Blow DPI: 0.37
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2999 2839 5.24 %RANDOM
Rwork0.279 ---
obs0.28 54213 56.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4174 Å20 Å2-0.2975 Å2
2--6.4833 Å20 Å2
3----3.0658 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11124 0 140 317 11581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00722454HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8440545HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6510SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3576HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11540HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1465SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16521SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.48 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4236 -5.62 %
Rwork0.3954 1024 -
all0.397 1085 -
obs--5.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22320.1583-0.47332.09831.09875.29520.16420.0429-0.07610.10430.0967-0.1662-0.1968-0.0153-0.2609-0.3218-0.0514-0.0444-0.21580.0746-0.2344-29.766511.16297.5733
23.5112-0.7345-2.37771.63330.68633.0476-0.32870.032-0.06630.14740.111-0.08060.2567-0.08460.2177-0.2683-0.0158-0.0505-0.17810.0736-0.3442-33.648349.070214.7614
32.7396-0.15920.46465.73211.21442.620.06590.2731-0.13660.6344-0.0211-0.84880.43410.0176-0.0448-0.1684-0.0596-0.091-0.1465-0.0319-0.220610.98954.071432.7839
43.80491.52120.6775.5385-0.39921.91720.11320.16130.458-0.2756-0.04661.05-0.15270.2328-0.0666-0.2361-0.0652-0.0847-0.1694-0.0049-0.07443.279966.703352.69
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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