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- PDB-8fty: Crystal structure of the carotenoid isomerooxygenase, NinaB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fty
タイトルCrystal structure of the carotenoid isomerooxygenase, NinaB
要素(carotenoid isomerooxygenase) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / isomerase / beta propeller / membrane / carotenoid
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / retinal metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / Carotenoid isomerooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kiser, P.D. / Solano, Y.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2107713 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Carotenoid cleavage enzymes evolved convergently to generate the visual chromophore.
著者: Solano, Y.J. / Everett, M.P. / Dang, K.S. / Abueg, J. / Kiser, P.D.
履歴
登録2023年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carotenoid isomerooxygenase
B: carotenoid isomerooxygenase
C: carotenoid isomerooxygenase
D: carotenoid isomerooxygenase
E: carotenoid isomerooxygenase
F: carotenoid isomerooxygenase
G: carotenoid isomerooxygenase
H: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,70536
ポリマ－460,2208
非ポリマー2,48628
水37,3092071
1
A: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8435
ポリマ－57,5151
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6893
ポリマ－57,5151
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8084
ポリマ－57,5151
非ポリマー2923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8666
ポリマ－57,5151
非ポリマー3515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9776
ポリマ－57,5311
非ポリマー4465
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9615
ポリマ－57,5311
非ポリマー4294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8404
ポリマ－57,5471
非ポリマー2923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: carotenoid isomerooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7213
ポリマ－57,5471
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)349.934, 52.036, 210.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

CL

21D-604-

CL

31D-605-

NA

41A-823-

HOH

51A-850-

HOH

61A-878-

HOH

71D-2106-

HOH

81D-2272-

HOH

91D-2320-

HOH

101D-2332-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
carotenoid isomerooxygenase


分子量: 57515.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
遺伝子: LOC113497779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7E5VY83
#2: タンパク質 carotenoid isomerooxygenase


分子量: 57531.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
遺伝子: LOC113497779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7E5VY83
#3: タンパク質 carotenoid isomerooxygenase


分子量: 57547.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
遺伝子: LOC113497779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7E5VY83

-
非ポリマー , 6種, 2099分子

#4: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6AsO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 % / 解説: plates
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% (v/v) MPD 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5 5% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 271195 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 1.401 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 42167 / CC1/2: 0.435 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→49.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.722 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24677 13352 4.9 %RANDOM
Rwork0.21747 ---
obs0.21891 257803 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.073 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å2-0.21 Å2
2--3.1 Å2-0 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31357 0 137 2071 33565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01232601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01630247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8441.65644398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.2961.57269737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04754008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg0.74810382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46710.5365349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.82415191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.24945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0236853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5883.76315972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5873.76315972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.626.75820000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.626.75820001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7173.97416629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7173.97416630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8767.2224399
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.86346.9535904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8646.9635880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.999 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 942 -
Rwork0.426 17884 -
obs--92.89 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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