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万見
- PDB-8ftx: FlgN-FliJ fusion complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ftx
タイトルFlgN-FliJ fusion complex
要素Flagella biosynthesis chaperone FlgN, Flagellar FliJ protein fusion
キーワードCHAPERONE / Chaperone-client complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar export FliJ / Flagellar FliJ, proteobacteria / : / Flagellar FliJ protein / FlgN-like protein / FlgN-like superfamily / FlgN protein / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar FliJ protein / Flagella biosynthesis chaperone FlgN
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rossi, P. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, ベルギー, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094623 米国
Research Foundation - Flanders (FWO)T3RecS G002516N ベルギー
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Chaperone Recycling in Late-Stage Flagellar Assembly.
著者: Rossi, P. / Xing, Q. / Bini, E. / Portaliou, A.G. / Clay, M.C. / Warren, E.M. / Khanra, N.K. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2023年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagella biosynthesis chaperone FlgN, Flagellar FliJ protein fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1171
ポリマ－24,1171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Flagella biosynthesis chaperone FlgN, Flagellar FliJ protein fusion / Flagella synthesis protein FlgN / Flagellar biosynthesis protein FlgN / Putative FlgK/FlgL export chaperone


分子量: 24116.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: flgN, fliJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1US31, UniProt: A0A5K1UBM0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic22D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
142isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
1141isotropic13D HN(COCA)CB
1131isotropic13D HNCO
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic23D 1H-13C NOESY
1102isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
192isotropic23D 1H-15N NOESY
182isotropic23D CCH NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1300 uM [U-13C; U-15N; U-2H] FlgN_1-113_FliJ_1-54_fusion, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2Otriple95% H2O/5% D2O
solution2300 uM 15N_1H,13C_ILVMAT_CH3_U1H,13C_Tyr_Phe FlgN_1-113_FliJ_1-54_fusion, 20 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2ON_methyl_aro95% H2O/5% D2O15N_1H,13C_ILVMAT_CH3_U1H,13C_Tyr_Phe
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMFlgN_1-113_FliJ_1-54_fusion[U-13C; U-15N; U-2H]1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.05 %sodium azidenatural abundance1
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
300 uMFlgN_1-113_FliJ_1-54_fusion15N_1H,13C_ILVMAT_CH3_U1H,13C_Tyr_Phe2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.05 %sodium azidenatural abundance2
5 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpinBruker Biospincollection
PdbStattejero and montelione解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: MD in explicit water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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