+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ftp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases H, apo form | ||||||
要素 | Alpha/beta fold hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / FphH / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase | ||||||
機能・相同性 | Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / TraB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus USA300-CA-263 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Fellner, M. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023 タイトル: Biochemical and Cellular Characterization of the Function of Fluorophosphonate-Binding Hydrolase H (FphH) in Staphylococcus aureus Support a Role in Bacterial Stress Response. 著者: Fellner, M. / Walsh, A. / Dela Ahator, S. / Aftab, N. / Sutherland, B. / Tan, E.W. / Bakker, A.T. / Martin, N.I. / van der Stelt, M. / Lentz, C.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ftp.cif.gz | 306.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ftp.ent.gz | 252 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ftp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ftp_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ftp_full_validation.pdf.gz | 430.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ftp_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ftp_validation.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/8ftp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/8ftp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28335.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA300-CA-263 (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: est_2 / プラスミド: pET28a-LIC / 詳細 (発現宿主): F1011 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D6HZA6 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 ul 9.1 mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 7.5, 10% w/v ...詳細: 0.15 ul 9.1 mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 7.5, 10% w/v PEG 8000 and 10% w/v PEG 1000. Crystal appeared within a day at 16C and grew until day 12.5 when it was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→49.09 Å / Num. obs: 129324 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 1722894 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.39 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.539 / Num. measured all: 81791 / Num. unique obs: 6219 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.434 / Rrim(I) all: 1.6 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→40.85 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.62 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→40.85 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|