[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8ftp: FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ftp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases H, apo form | ||||||
![]() | Alpha/beta fold hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / FphH / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase | ||||||
Function / homology | Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / TraB![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and Cellular Characterization of the Function of Fluorophosphonate-Binding Hydrolase H (FphH) in Staphylococcus aureus Support a Role in Bacterial Stress Response. Authors: Fellner, M. / Walsh, A. / Dela Ahator, S. / Aftab, N. / Sutherland, B. / Tan, E.W. / Bakker, A.T. / Martin, N.I. / van der Stelt, M. / Lentz, C.S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 306.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 252 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 428.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 430.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 28335.621 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: USA300 / Gene: est_2 / Plasmid: pET28a-LIC / Details (production host): F1011 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.73 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.15 ul 9.1 mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 7.5, 10% ...Details: 0.15 ul 9.1 mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.3 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 7.5, 10% w/v PEG 8000 and 10% w/v PEG 1000. Crystal appeared within a day at 16C and grew until day 12.5 when it was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2022 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.37→49.09 Å / Num. obs: 129324 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 1722894 |
Reflection shell | Resolution: 1.37→1.39 Å / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.539 / Num. measured all: 81791 / Num. unique obs: 6219 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.434 / Rrim(I) all: 1.6 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.37→40.85 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|