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万見
- PDB-8ft9: Crystal structure of a new antigen receptor variable domain from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ft9
タイトルCrystal structure of a new antigen receptor variable domain from nurse sharks
要素VNAR B6
キーワードANTITOXIN / Variable New Antigen Receptor (VNAR)
機能・相同性PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yerabham, A.S.K. / Hsieh, C.M. / Fu, Y. / Bou-Nader, C. / Cachau, R. / Zhang, J. / Ho, M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Z01 BC010891 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIA BC010891 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ZIC BC 011891 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIADK075136 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a new antigen receptor variable domain from nurse sharks
著者: Yerabham, A.S.K. / Fu, Y. / Hsieh, C.M. / Bou-Nader, C. / Cachau, R. / Zhang, J. / Ho, M.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VNAR B6
B: VNAR B6
C: VNAR B6
D: VNAR B6
E: VNAR B6
F: VNAR B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,29518
ポリマ－86,1586
非ポリマー1,13712
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.824, 89.891, 186.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
VNAR B6


分子量: 14359.642 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 percent PEG 8000 and 0.2 M potassium nitrate. HT crystallization screen Wizard PEG-Ion 48 Salt with PEG 8K and 10K from Molecular Dimensions

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→43.7 Å / Num. obs: 26818 / % possible obs: 96.68 % / 冗長度: 5.98 % / CC1/2: 0.965 / CC star: 0.9911 / Rmerge(I) obs: 0.365 / Rrim(I) all: 0.402 / Net I/σ(I): 4.23
反射 シェル解像度: 2.74→2.838 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Num. unique obs: 2472 / CC1/2: 0.792 / CC star: 0.9402 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→43.7 Å / SU ML: 0.4083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.9759
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 1342 5.01 %
Rwork0.2396 25470 -
obs0.2414 26812 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4976 0 61 163 5200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00245119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46376933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5213735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.840.36291300.32592472X-RAY DIFFRACTION96.05
2.84-2.950.3611340.31052546X-RAY DIFFRACTION98.67
2.95-3.080.36531360.31132563X-RAY DIFFRACTION98
3.09-3.250.36461300.28042486X-RAY DIFFRACTION95.72
3.25-3.450.30861360.25312577X-RAY DIFFRACTION98.8
3.45-3.720.25111340.23872550X-RAY DIFFRACTION97.81
3.72-4.090.24611340.20462559X-RAY DIFFRACTION96.84
4.09-4.680.18691320.16732496X-RAY DIFFRACTION94.46
4.68-5.90.21371360.19482591X-RAY DIFFRACTION97.22
5.9-43.70.30541400.25362630X-RAY DIFFRACTION93.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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