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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ft7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of SAH bound protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1) from Naegleria fowleri | |||||||||
![]() | PUA domain-containing protein | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-glutamylcyclotransferase activity / glutathione catabolic process / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine N-methyltransferase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of SAH bound protein arginine N-methyltransferase 1 (PRMT1) from Naegleria fowleri 著者: Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 889.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 891.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41484.957 Da / 分子数: 2 / 断片: NafoA.20639.a.A2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: FDP41_006519 / プラスミド: NafoA.20639.a.A2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Wizard Cryo H6: 30% PEG 200, 100mM Sodium Acetate pH 4.5, 100mM Sodium Chloride. NafoA.20639.a.A2.PW39094 at 8.5 mg/mL Tray: Steve 11/09/22 well D10, 24 hour soak in 5mM S- ...詳細: Wizard Cryo H6: 30% PEG 200, 100mM Sodium Acetate pH 4.5, 100mM Sodium Chloride. NafoA.20639.a.A2.PW39094 at 8.5 mg/mL Tray: Steve 11/09/22 well D10, 24 hour soak in 5mM S-adenosylhomocysteine (SAH), Puck: PSL0710, Cryo: direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→47.95 Å / Num. obs: 49721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 21.9 / Num. measured all: 680729 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.22 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.485 / Num. measured all: 61863 / Num. unique obs: 4272 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 1.539 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 2.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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