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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fsr | |||||||||
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タイトル | Complex Structure of YejA with fMccA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/ANTIBIOTIC / Trojan Horse / Microcin / peptide transporter / ANTIBIOTIC / TRANSPORT PROTEIN-ANTIBIOTIC complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type oligopeptide transporter activity / microcin transport / oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / defense response to bacterium / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Naik, S.K. / Dong, S.-H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Trojan Horse Peptide Conjugates Remodel the Activity Spectrum of Clinical Antibiotics 著者: Luo, S. / Dong, S.-H. / Nair, S.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fsr.cif.gz | 144.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fsr.ent.gz | 109.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fsr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fsr_validation.pdf.gz | 432.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fsr_full_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fsr_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fsr_validation.cif.gz | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fsqC 8fssC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67581.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yejA, b2177, JW2165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33913 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 791.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47505 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 90 mM BIS-TRIS pH 6.5, 15% (w/v) PEG MME 5000, and 0.5% (w/v) n-dodecyl-beta-D-maltoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 62999 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 41.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / Num. unique obs: 62931 / CC1/2: 0.917 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→83.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.464 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.78→83.84 Å
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拘束条件 |
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