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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fs9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hen egg white lysozyme | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lima, L.M.T.R. / Ramos, N.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of hen egg white lysozyme 著者: Lima, L.M.T.R. / Ramos, N.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fp6C ![]() 8fp7C ![]() 8fp8C ![]() 8fpbC ![]() 8fpdC ![]() 8fpmC ![]() 8fpnC ![]() 8fppC ![]() 8fprC ![]() 8fpuC ![]() 8fryC ![]() 8fs0C ![]() 8fsaC ![]() 8fscC ![]() 8fsfC ![]() 8fsgC ![]() 8fshC ![]() 8fsmC ![]() 8fsnC ![]() 8fstC ![]() 8fsuC ![]() 8fsvC ![]() 8fswC ![]() 8fsxC ![]() 8fsyC ![]() 8ft0C ![]() 8ft1C ![]() 8ft2C ![]() 8ft3C ![]() 6qwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 1.2 M NaCl, 100 mM Sodium Acetate, 50 mg/mL Lyzozyme, 30% Glycerol for cryoprotection |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5406 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月2日 |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13.59 Å / Num. obs: 15757 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.76 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 74148 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.026 / Num. measured all: 2283 / Num. unique obs: 758 / CC1/2: 0.638 / Rpim(I) all: 0.667 / Rrim(I) all: 1.232 / Χ2: 0.35 / Net I/σ(I) obs: 0.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6qwy 解像度: 1.6→13.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 4.744 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.762 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→13.59 Å
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拘束条件 |
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