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- PDB-8fru: 60S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fru
タイトル60S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / Giardia lamblia / Ribosome structure / Translation / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family ...Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / : / 60S ribosomal protein L35 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / LSU ribosomal protein L29P/L35 ...: / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / LSU ribosomal protein L29P/L35 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L35a / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L23A / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L24A / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein eL22 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L5 / 60S ribosomal protein L29 / LSU ribosomal protein L18AE / LSU ribosomal protein L24P / LSU ribosomal protein L3P / Ribosomal protein L37
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Eiler, D.R. / Wimberly, B.T. / Bilodeau, D.Y. / Rissland, O.S. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI149210 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128680 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The Giardia lamblia ribosome structure reveals divergence in several biological pathways and the mode of emetine function.
著者: Daniel R Eiler / Brian T Wimberly / Danielle Y Bilodeau / J Matthew Taliaferro / Philip Reigan / Olivia S Rissland / Jeffrey S Kieft /
要旨: Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure ...Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure of the G. lamblia 80S ribosome bound to tRNA, mRNA, and the antibiotic emetine by cryo-electron microscopy, to an overall resolution of 2.49 Å. The structure reveals rapidly evolving protein and nucleotide regions, differences in the peptide exit tunnel, and likely altered ribosome quality control pathways. Examination of translation initiation factor binding sites suggests these interactions are conserved despite a divergent initiation mechanism. Highlighting the potential of G. lamblia to resolve conserved biological principles; our structure reveals the interactions of the translation inhibitor emetine with the ribosome and mRNA, thus providing insight into the mechanism of action for this widely used antibiotic. Our work defines key questions in G. lamblia and motivates future experiments to explore the diversity of eukaryotic gene regulation.
履歴
登録2023年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 60S ribosomal protein uL3
a: 60S ribosomal protein uL15
C: 60S ribosomal protein uL4
I: 60S ribosomal protein uL16
p: 60S ribosomal protein eL43
D: 60S ribosomal protein uL18
H: 60S ribosomal protein uL6
G: 60S ribosomal protein eL8
J: 60S ribosomal protein uL5
O: 60S ribosomal protein uL13
L: 60S ribosomal protein eL13
M: 60S ribosomal protein eL14
N: 60S ribosomal protein eL15
Q: 60S ribosomal protein eL18
S: 60S ribosomal protein eL20
R: 60S ribosomal protein eL19
T: 60S ribosomal protein eL21
V: 60S ribosomal protein uL14
P: 60S ribosomal protein uL22
X: 60S ribosomal protein uL23
Y: 60S ribosomal protein uL24
W: 60S ribosomal protein eL24
Z: 60S ribosomal protein eL27
b: 60S ribosomal protein eL29
h: 60S ribosomal protein uL29
F: 60S ribosomal protein uL30
d: 60S ribosomal protein eL31
e: 60S ribosomal protein eL32
g: 60S ribosomal protein eL34
f: 60S ribosomal protein eL33
i: 60S ribosomal protein eL36
k: 60S ribosomal protein eL38
o: 60S ribosomal protein eL42
U: 60S ribosomal protein eL22
c: 60S ribosomal protein eL30
j: 60S ribosomal protein eL37
l: 60S ribosomal protein eL39
m: 60S ribosomal protein eL40
A: 60S ribosomal protein uL2
n: 60S ribosomal protein eL41
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
1: 28S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,687,717235
ポリマ－1,682,49143
非ポリマー5,226192
水56,2433122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 BaCIpDHGJOLMNQSRTVPXYWZbhFdegf...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein uL3 / LSU ribosomal protein L3P


分子量: 42688.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: V6TF11
#2: タンパク質 60S ribosomal protein uL15


分子量: 17166.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BZ78
#3: タンパク質 60S ribosomal protein uL4


分子量: 35048.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B7H8
#4: タンパク質 60S ribosomal protein uL16


分子量: 24283.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BM86
#5: タンパク質 60S ribosomal protein eL43


分子量: 10508.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BN26
#6: タンパク質 60S ribosomal protein uL18


分子量: 33961.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: E2RU47
#7: タンパク質 60S ribosomal protein uL6


分子量: 20889.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BNT5
#8: タンパク質 60S ribosomal protein eL8


分子量: 25427.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BLL7
#9: タンパク質 60S ribosomal protein uL5


分子量: 19767.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BI95
#10: タンパク質 60S ribosomal protein uL13


分子量: 22921.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BU75
#11: タンパク質 60S ribosomal protein eL13


分子量: 26640.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B6M8
#12: タンパク質 60S ribosomal protein eL14


分子量: 14785.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B4F8
#13: タンパク質 60S ribosomal protein eL15


分子量: 24353.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B8Z6
#14: タンパク質 60S ribosomal protein eL18


分子量: 20207.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B4T7
#15: タンパク質 60S ribosomal protein eL20


分子量: 24389.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: V6TB90
#16: タンパク質 60S ribosomal protein eL19


分子量: 23199.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BH61
#17: タンパク質 60S ribosomal protein eL21


分子量: 18296.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B2Q4
#18: タンパク質 60S ribosomal protein uL14


分子量: 15450.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BS37
#19: タンパク質 60S ribosomal protein uL22


分子量: 18722.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BE76
#20: タンパク質 60S ribosomal protein uL23


分子量: 16053.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BMP6
#21: タンパク質 60S ribosomal protein uL24


分子量: 15621.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: V6TD19
#22: タンパク質 60S ribosomal protein eL24


分子量: 12005.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BRH7
#23: タンパク質 60S ribosomal protein eL27


分子量: 15374.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B1T3
#24: タンパク質 60S ribosomal protein eL29


分子量: 7363.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: V6TAA6
#25: タンパク質 60S ribosomal protein uL29


分子量: 14316.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A0A132NRN1
#26: タンパク質 60S ribosomal protein uL30


分子量: 27103.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BRY6
#27: タンパク質 60S ribosomal protein eL31


分子量: 12184.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BMP3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein eL32


分子量: 15985.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BMD9
#29: タンパク質 60S ribosomal protein eL34


分子量: 13528.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BMF7
#30: タンパク質 60S ribosomal protein eL33


分子量: 13913.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BKK5
#31: タンパク質 60S ribosomal protein eL36


分子量: 10586.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BYA6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein eL38


分子量: 8605.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B481
#33: タンパク質 60S ribosomal protein eL42


分子量: 12311.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BQU8
#34: タンパク質 60S ribosomal protein eL22


分子量: 19942.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BW84
#35: タンパク質 60S ribosomal protein eL30


分子量: 11698.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8B5N7
#36: タンパク質 60S ribosomal protein eL37


分子量: 11473.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: V6TG99
#37: タンパク質 60S ribosomal protein eL39


分子量: 6527.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
#38: タンパク質 60S ribosomal protein eL40


分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: A8BXE1
#39: タンパク質 60S ribosomal protein uL2


分子量: 27090.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: UniProt: E2RTN4
#40: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL41


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 341

#41: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38672.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: GenBank: 1940868085
#42: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 45586.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: GenBank: 583967408
#43: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 871348.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
参照: GenBank: 2333213660

-
非ポリマー , 6種, 3314分子

#44: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#45: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#47: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#48: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 72.26 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289618 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006115149
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.663169232
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.13240325
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04320970
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00611046

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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