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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8frh | ||||||
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タイトル | Apo structure of D59C mutant of a melibiose transporter | ||||||
![]() | Melibiose permease | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / sugar transporter / Na-coupled MFS symporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guan, L. / Hariharan, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Apo structure of D59C mutant of a melibiose transporter 著者: Guan, L. / Hariharan, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 626.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 632.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54092.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: melB, STM4299 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-1PE / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.05 % |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5 100 mm NaCl 50 mM CaCL2 32% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.18→20 Å / Num. obs: 16869 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.037 / Χ2: 1.3 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.18→3.27 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 21.2 / Num. unique obs: 16869 / CC1/2: 0.436 / Rpim(I) all: 0.451 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 1.3 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 115.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.18→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.2442813874 Å / Origin y: 50.8654464875 Å / Origin z: -6.22304196232 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |