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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fr7 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | A hinge glycan regulates spike bending and impacts coronavirus infectivity | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / NL63 / coronavirus / glycan | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human coronavirus NL63 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pintilie, G. / Wilson, E. / Chmielewski, D. / Schmid, M.F. / Jin, J. / Chen, M. / Singharoy, A. / Chiu, W. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A hinge glycan regulates spike bending and impacts coronavirus infectivity 著者: Chmielewski, D. / Wilson, E. / Pintilie, G. / Chen, M. / Schmid, M.F. / Wells, L. / Jin, J. / Singharoy, A. / Chiu, W. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fr7.cif.gz | 895.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fr7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fr7_validation.pdf.gz | 7.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fr7_full_validation.pdf.gz | 7.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fr7_validation.xml.gz | 128 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fr7_validation.cif.gz | 193.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8fr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8fr7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ACB
#1: タンパク質 | 分子量: 149954.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human coronavirus NL63 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Vero E6 / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Chlorocebus pygerythrus (オナガザル) / 参照: UniProt: Q6Q1S2 |
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-糖 , 9種, 119分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2152.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HCoV-NL63 spike trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: unidentified human coronavirus (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: HCoV-NL63 virions |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 30000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4138 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 944822 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82030 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: Cross-correlation |