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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fpr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hen egg white lysozyme | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lima, L.M.T.R. / Ramos, N.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of hen egg white lysozyme 著者: Lima, L.M.T.R. / Ramos, N.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fp6C ![]() 8fp7C ![]() 8fp8C ![]() 8fpbC ![]() 8fpdC ![]() 8fpmC ![]() 8fpnC ![]() 8fppC ![]() 8fpuC ![]() 8fryC ![]() 8fs0C ![]() 8fs9C ![]() 8fsaC ![]() 8fscC ![]() 8fsfC ![]() 8fsgC ![]() 8fshC ![]() 8fsmC ![]() 8fsnC ![]() 8fstC ![]() 8fsuC ![]() 8fsvC ![]() 8fswC ![]() 8fsxC ![]() 8fsyC ![]() 8ft0C ![]() 8ft1C ![]() 8ft2C ![]() 8ft3C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 1.2 M NaCl, 100 mM Sodium Acetate, 50 mg/mL Lyzozyme, 30% Glycerol for cryoprotection |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月4日 |
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13.43 Å / Num. obs: 15432 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 72102 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.974 / Num. measured all: 2272 / Num. unique obs: 778 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.68 / Rrim(I) all: 1.194 / Χ2: 0.4 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→13.43 Å
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拘束条件 |
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