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万見
- PDB-8fp0: Ternary complex of CDK2 with small molecule ligands TW8672 and Ro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fp0
タイトルTernary complex of CDK2 with small molecule ligands TW8672 and Roscovitine
要素Cyclin-dependent kinase 2
キーワードCell Cycle / Transferase / allosteric / inhibitor
機能・相同性Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Chem-7TW / R-ROSCOVITINE / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schonbrunn, E. / Sun, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Development of allosteric and selective CDK2 inhibitors for contraception with negative cooperativity to cyclin binding.
著者: Faber, E.B. / Sun, L. / Tang, J. / Roberts, E. / Ganeshkumar, S. / Wang, N. / Rasmussen, D. / Majumdar, A. / Hirsch, L.E. / John, K. / Yang, A. / Khalid, H. / Hawkinson, J.E. / Levinson, N.M. ...著者: Faber, E.B. / Sun, L. / Tang, J. / Roberts, E. / Ganeshkumar, S. / Wang, N. / Rasmussen, D. / Majumdar, A. / Hirsch, L.E. / John, K. / Yang, A. / Khalid, H. / Hawkinson, J.E. / Levinson, N.M. / Chennathukuzhi, V. / Harki, D.A. / Schonbrunn, E. / Georg, G.I.
履歴
登録2023年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7805
ポリマ－33,9761
非ポリマー8044
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.820, 72.100, 72.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIPL / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-RRC / R-ROSCOVITINE / ロスコビチン


分子量: 354.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-7TW / 2-{[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]amino}-5-nitrobenzoic acid


分子量: 325.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 3350, 20% ethylene glycol, 50mM HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→37.07 Å / Num. obs: 37459 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2564 / CC1/2: 0.687 / Rrim(I) all: 0.992 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
XSCALEJan 10, 2022データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RWF

7rwf


解像度: 1.6→37.07 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 1872 5 %
Rwork0.2113 --
obs0.2127 37452 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2197 0 58 91 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.141308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.36551330.34842530X-RAY DIFFRACTION92
1.64-1.690.27821390.28222649X-RAY DIFFRACTION97
1.69-1.750.30711410.26462670X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.810.30131440.24662734X-RAY DIFFRACTION99
1.81-1.880.31741420.26922708X-RAY DIFFRACTION99
1.88-1.970.31921450.24122742X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.070.21861430.21622721X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.20.28921440.21252740X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.370.25191450.22252761X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.610.26281460.21432767X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.990.25021470.22482790X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.760.21471480.2012821X-RAY DIFFRACTION100
3.76-37.070.21391550.18882947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7761 Å / Origin y: 4.3721 Å / Origin z: 13.1666 Å
111213212223313233
T0.1774 Å20.0016 Å2-0.0049 Å2-0.2314 Å20.004 Å2--0.1972 Å2
L0.878 °20.0869 °2-0.3529 °2-3.3052 °2-0.2155 °2--1.0099 °2
S0.0406 Å °0.0218 Å °-0.1051 Å °-0.056 Å °-0.0407 Å °-0.2077 Å °0.0718 Å °0.1283 Å °-0.0068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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