PDB-8fos: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3-shell with bound transiti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fos

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3-shell with bound transition state analogue

要素

Kemp Eliminase HG3-shell

キーワード

LYASE / Artificial enzyme

機能・相同性

6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Zarifi, N. / Asthana, P. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Kemp Eliminase HG3-shell with bound transition state analogue
著者: Zarifi, N. / Asthana, P. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fos.cif.gz	222.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fos.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fos_validation.pdf.gz	885.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fos_full_validation.pdf.gz	885.2 KB	表示
XML形式データ	8fos_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	8fos_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp Eliminase HG3-shell

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.908, 66.569, 72.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kemp Eliminase HG3-shell 分子量: 34645.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-Gold
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.64473 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.26213 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1% w/v PEG2000 MME, 0.1 M HEPES, pH 7, 1 M sodium succinate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→72.52 Å / Num. obs: 27999 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 6.19 % / B_iso Wilson estimate: 17.77 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / R_merge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 485 / CC_1/2: 0.363 / R_pim(I) all: 0.95 / R_rim(I) all: 1.471 / Χ²: 0.9 / % possible all: 29.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot	1.17.1_3660	モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→49.04 Å / SU ML: 0.161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 19.6116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1817	1414	5.06 %
R_work	0.1573	26542	-
obs	0.1585	27956	81.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→49.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2299	0	13	133	2445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	2502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7287	3430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7564	901

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.62	0.2816	61	0.2505	1002	X-RAY DIFFRACTION	31.47
1.62-1.68	0.2958	78	0.2335	1396	X-RAY DIFFRACTION	43.75
1.68-1.76	0.2605	99	0.2242	1966	X-RAY DIFFRACTION	60.56
1.76-1.85	0.2349	162	0.2029	2815	X-RAY DIFFRACTION	87.95
1.85-1.97	0.2021	178	0.1752	3122	X-RAY DIFFRACTION	96.24
1.97-2.12	0.1944	165	0.1562	3127	X-RAY DIFFRACTION	96.85
2.12-2.33	0.1694	157	0.1321	3180	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.33-2.67	0.179	137	0.136	3268	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.67-3.36	0.1572	182	0.1449	3247	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.36-49.04	0.17	195	0.1606	3419	X-RAY DIFFRACTION	98.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.44893504899	0.129823361952	0.0411271352574	1.3805346032	0.671637243321	6.74443547853	-0.00197927859013	-0.00796497159606	-0.0471647863006	0.0213760750815	0.00773462098759	0.0698294554471	0.127839504401	-0.0901366451689	-0.0102213009703	0.0905938107868	0.00105799943729	-0.00379664575481	0.0969575516455	-0.00705214101753	0.1112718843	-24.2309818317	4.17041944789	-10.0888300807
2	9.41656089119	0.138871018139	-3.26335440962	1.59952195843	-0.388606663616	2.24239318845	0.0366830190771	0.0947247570544	0.0852003067694	-0.184190717529	0.0164674656235	-0.00345170562844	-0.0775408716575	0.0892023539539	-0.0577393667579	0.171307627283	-0.0237454228546	-0.0279825565559	0.13119635007	-0.0248893485816	0.0761007671558	-12.4547806284	12.5953370399	-21.8210668606
3	2.72810550612	0.170914304687	-0.360583859872	0.94572230642	-0.06912567001	0.914042280336	-0.0595047485548	0.122634170802	-0.0900298717135	-0.124736477094	0.0420618473067	-0.166283167706	0.00186020294501	0.241391790892	0.0199248475611	0.141032895438	-0.0176818493496	0.0140154626601	0.169184273436	-0.0251658043128	0.0898637204344	-1.31498583491	12.4683281161	-17.4871773468
4	0.732486238575	0.0497405162619	-0.155422923056	1.2830172199	-0.646429645072	1.44227993995	-0.0339010702628	-0.012695370146	0.00597427959671	0.00329582126533	-0.02223478463	-0.0941314696521	0.0541700272743	0.0716452902695	0.0602144264995	0.0892561415326	0.00124611010877	0.00281991176421	0.152568543892	-0.0202120498309	0.0869673557938	-0.740875907105	8.3970065379	-7.06397374349
5	0.785417693027	1.42737879313	0.976638144294	6.89775976329	2.66891256518	2.02945303716	0.00252994631846	-0.0652736764879	-0.103648756599	0.348067930703	0.0730081892938	-0.44441139162	0.105318489287	0.0999799040609	-0.071802254254	0.0932860244944	0.000581970897157	-0.000555128766762	0.147854418648	0.00635850441153	0.124182840531	3.32835100015	5.23288462238	3.21365949426
6	1.24365817053	0.895587254119	0.477592675841	2.03015308115	0.0311813701047	0.735596845671	-0.0238865709904	0.0120903251494	-0.134700638361	-0.056055353326	0.0546527801737	0.0111443870608	0.0528698249446	0.0175199804351	-0.0272734658927	0.136345245207	0.0151748604563	0.0147223021316	0.1674883386	-0.00398766073991	0.130895718447	-9.20913810963	-0.484372089415	-0.543634917258
7	2.12220053993	0.783950127961	0.896240454005	2.291512374	0.63290416372	2.43490226106	0.0820296367858	0.0307467392637	-0.135977926741	-0.0893097952653	0.0099588158604	0.0557110034367	0.215088631031	-0.0657996796136	-0.0735941857585	0.138490284996	0.00734536186783	0.000190805429806	0.133916620324	0.00350227431773	0.137202787869	-21.4964956624	-5.46039546619	-5.30096422692

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 244 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 245 through 302 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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