PDB-8for: Crystal Structure of Kemp Eliminase KE70-core with bound transiti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8for

タイトル

Crystal Structure of Kemp Eliminase KE70-core with bound transition state analogue

要素

Kemp Eliminase KE70-core

キーワード

LYASE / Artificial enzyme

機能・相同性

6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zarifi, N. / Asthana, P. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Kemp Eliminase KE70-core with bound transition state analogue
著者: Zarifi, N. / Asthana, P. / Fraser, J.S. / Chica, R.A.

履歴

登録	2023年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8for.cif.gz	829.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8for.ent.gz	677.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8for.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8for_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8for_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8for_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	8for_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8for ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8for	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fmdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kemp Eliminase KE70-core

B: Kemp Eliminase KE70-core

C: Kemp Eliminase KE70-core

D: Kemp Eliminase KE70-core

E: Kemp Eliminase KE70-core

F: Kemp Eliminase KE70-core

ヘテロ分子

173 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Kemp Eliminase KE70-core

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F: Kemp Eliminase KE70-core

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.789, 155.642, 190.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kemp Eliminase KE70-core 分子量: 28718.650 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-Gold
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14802 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.77353 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.5, 20% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.71 Å / Num. obs: 80798 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.77 % / B_iso Wilson estimate: 36.24 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.216 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.234 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 2.288 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4495 / CC_1/2: 0.497 / R_pim(I) all: 0.925 / Χ²: 0.99 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot	1.17.1_3660	モデル構築
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 8FMD

8fmd

解像度: 2.2→39.71 Å / SU ML: 0.2981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.5469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	4078	5.05 %
R_work	0.2085	76630	-
obs	0.2099	80708	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11107	0	0	206	11313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	11383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4665	15454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	1841
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6318	4076

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3466	128	0.3259	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.25	0.3336	138	0.32	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.25-2.28	0.3596	137	0.3046	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.3407	126	0.3023	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.3315	126	0.2963	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.3175	142	0.2894	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.3381	126	0.2781	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.41-2.45	0.2735	149	0.266	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.45-2.49	0.3341	132	0.2556	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.49-2.53	0.32	146	0.2608	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.58	0.269	129	0.2529	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.63	0.2606	129	0.252	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.68	0.2691	157	0.2414	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.68-2.74	0.3087	147	0.2436	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.74-2.8	0.2994	148	0.2544	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.8-2.87	0.3191	146	0.2514	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.87-2.95	0.3055	146	0.2479	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.04	0.301	125	0.2404	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.14	0.2672	151	0.2321	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.14-3.25	0.2646	137	0.2334	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.25-3.38	0.2713	143	0.2236	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.53	0.2235	123	0.2232	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.72	0.1924	133	0.1825	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.72-3.95	0.1969	151	0.1672	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.95-4.26	0.181	144	0.1586	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.26-4.68	0.1702	141	0.1411	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.68-5.36	0.168	170	0.1461	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.36-6.75	0.2013	144	0.1816	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.83
6.75-39.71	0.1754	164	0.1596	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.64

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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