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Yorodumi- PDB-8fon: Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to AUA codon in the ribo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8fon | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of tRNA^Lys(SUU) bound to AUA codon in the ribosomal P site | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / mRNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / THERMUS THERMOPHILUS / TRANSLATION / BACTERIAL TRANSLATION / CODON / PROTEIN STRUCTURE / MISCODING | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationlarge ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria)![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.64 Å | ||||||
Authors | Nguyen, H.A. / Hoffer, E.D. / Maehigashi, T. / Fagan, C.E. / Dunham, C.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023Title: Structural basis for reduced ribosomal A-site fidelity in response to P-site codon-anticodon mismatches. Authors: Nguyen, H.A. / Hoffer, E.D. / Fagan, C.E. / Maehigashi, T. / Dunham, C.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 8fon.cif.gz | 14.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8fon.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 8fon.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8fon_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8fon_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 8fon_validation.xml.gz | 354.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8fon_validation.cif.gz | 597.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fon | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8fomC ![]() 4y4oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-RNA chain , 7 types, 13 molecules QAXAQVXVQXXXRAYARBYBXYZ6Z8
| #1: RNA chain | Mass: 493958.281 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#22: RNA chain | Mass: 24567.574 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #23: RNA chain | Mass: 7475.529 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #34: RNA chain | Mass: 947895.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#35: RNA chain | Mass: 39494.535 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#55: RNA chain | | Mass: 5466.324 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #56: RNA chain | Mass: 1098.880 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: CCA-end mimic / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
| #2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371#3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372#4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373#5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5#6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8#7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291#8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9#9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80374#10: Protein | Mass: 11954.968 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN7#11: Protein | Mass: 13737.868 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80376#12: Protein | Mass: 14508.204 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHN3#13: Protein | Mass: 14338.861 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80377#14: Protein | Mass: 7158.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY6#15: Protein | Mass: 10578.407 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJ76#16: Protein | Mass: 10409.983 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SJH3#17: Protein | Mass: 12325.655 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY7#18: Protein | Mass: 10258.299 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLQ0#19: Protein | Mass: 10605.464 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHP2#20: Protein | Mass: 11736.143 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80380#21: Protein/peptide | Mass: 3350.030 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
|---|
+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules R0Y0R1Y1R2Y2R3Y3R4Y4R5Y5R6Y6R7Y7R8Y8R9Y9RDYDREYERFYFRGYGRHYH...
-Non-polymers , 3 types, 1253 molecules 




| #57: Chemical | ChemComp-MG / #58: Chemical | #59: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9789 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.5→174.01 Å / Num. obs: 696830 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 4.368 % / Biso Wilson estimate: 107.57 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rrim(I) all: 0.242 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 6.51 / Num. measured all: 3043425 / Scaling rejects: 957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4Y4O Resolution: 3.64→174.01 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.55 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 409.41 Å2 / Biso mean: 124.4225 Å2 / Biso min: 38.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.64→174.01 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Thermus thermophilus HB8 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation

PDBj































