PDB-8fmu: Crystal structure of human Brachyury G177D variant in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fmu

タイトル

Crystal structure of human Brachyury G177D variant in complex with SJF-4601

要素

T-box transcription factor T

キーワード

TRANSCRIPTION / Brachyury / T-Box Transcription Factor / TBXT / TBXT C006 / SJF-4601

機能・相同性

機能・相同性情報

primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Bebenek, A. / Linhares, B. / Jaime-Figueroa, S. / Butrin, A. / Crews, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Development of a Small Molecule Downmodulator for the Transcription Factor Brachyury.
著者: Chase, D.H. / Bebenek, A.M. / Nie, P. / Jaime-Figueroa, S. / Butrin, A. / Castro, D.A. / Hines, J. / Linhares, B.M. / Crews, C.M.

履歴

登録	2022年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fmu.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fmu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fmu_validation.pdf.gz	964.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fmu_full_validation.pdf.gz	967.9 KB	表示
XML形式データ	8fmu_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8fmu_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: T-box transcription factor T

B: T-box transcription factor T

ヘテロ分子

45 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: T-box transcription factor T

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: T-box transcription factor T

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.892, 70.294, 81.874
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	T-box transcription factor T / Brachyury protein / Protein T 分子量: 22080.395 Da / 分子数: 2 / 変異: G177D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBXT, T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15178
#2: 化合物	ChemComp-Y3T / N-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-[4-(dimethylamino)butanamido]-4-methoxybenzamide 分子量: 407.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃ClFN₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350 12%, 0.2 M NaSCN, 5 mM Betaine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→45.14 Å / Num. obs: 22141 / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.2 Å² / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / Num. unique obs: 2045 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→45.14 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	1119	5.06 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2028	22136	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2773	0	56	291	3120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2915
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	3955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.326	383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.13	0.3255	130	0.2333	2464	X-RAY DIFFRACTION	94
2.13-2.24	0.2803	139	0.2277	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.38	0.3103	132	0.2203	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.56	0.3102	147	0.2221	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.82	0.2985	152	0.2254	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.23	0.3245	147	0.204	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-4.06	0.2258	148	0.1766	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
4.07-45.14	0.2191	124	0.1853	2720	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1816	0.6863	1.0122	1.0153	-0.2065	2.0729	0.2924	-0.2947	-0.7317	0.2769	-0.0868	-0.22	0.4273	-0.2171	-0.1959	0.2469	-0.0388	0.0217	0.2293	0.0165	0.3069	11.164	3.3499	23.2328
2	2.6894	1.8865	0.8205	2.4625	0.6291	1.3949	-0.0791	0.4845	0.02	-0.0938	0.2678	-0.0094	0.0293	0.2401	-0.2194	0.2136	0.047	-0.0071	0.2547	0.0141	0.2549	22.4365	9.3902	17.8419
3	1.4161	0.091	0.4509	0.9459	0.3183	1.1352	0.0164	0.1228	-0.0526	-0.2616	-0.0405	0.0742	-0.1061	-0.0191	-0.0026	0.2001	0.0046	-0.0101	0.208	-0.0139	0.1655	6.4496	6.228	5.7729
4	3.4883	-1.3014	2.3656	2.0766	-0.536	3.7754	-0.1657	-0.6079	0.0518	0.2322	0.2352	0.3166	-0.3349	-0.1118	-0.072	0.3922	0.0148	0.0423	0.3578	-0.0087	0.2415	14.1269	19.6734	34.0454
5	1.805	0.6771	0.7463	1.2235	-0.0515	1.8643	-0.0152	0.0269	-0.0167	0.051	0.0787	-0.1272	-0.1984	0.0897	-0.0739	0.1563	0.022	0.0297	0.1731	0.0183	0.2235	15.7143	13.4724	12.1565
6	1.6822	0.0232	0.6112	1.6832	-0.2257	2.6701	0.0548	-0.0305	-0.042	-0.1508	-0.0327	0.1095	0.0625	-0.4278	0.0061	0.2266	-0.0152	0.0311	0.1822	0.0027	0.2222	8.8781	11.8397	14.9917
7	4.0945	-0.1	-0.4094	6.0326	0.6437	5.3774	-0.2131	-0.1789	-0.1941	0.3456	-0.0908	0.1037	0.3148	0.0989	0.3	0.26	0.0444	-0.0325	0.2361	0.0162	0.2525	23.3402	2.1337	29.3989
8	2.3765	1.1012	-2.1844	2.2116	-0.2989	3.9983	0.1409	-0.3147	0.2878	-0.0457	0.4049	0.3267	-0.5616	-0.6277	-0.3981	0.3945	0.1153	0.0025	0.5211	0.1307	0.4672	7.1714	36.0661	-16.3125
9	0.8424	0.1824	0.3441	1.4454	0.9212	3.1091	-0.0523	0.0235	0.1319	-0.1533	0.1073	-0.0615	-0.1443	0.0559	-0.0366	0.2318	-0.0077	-0.0069	0.23	0.0222	0.2678	12.7552	27.2895	-10.3116
10	4.1146	0.6393	-2.9081	1.2442	-0.832	3.1517	0.2458	0.5993	-0.2983	-0.5873	-0.1221	0.2833	-0.4461	-0.2187	-0.1088	0.5833	-0.046	-0.0071	0.3702	-0.0124	0.3087	10.677	16.0957	-29.4001
11	1.3802	-0.2843	-0.1078	0.7812	-0.9826	1.4029	0.059	-0.0088	-0.0892	-0.0125	-0.0306	0.0075	0.095	0.0559	-0.0243	0.2081	-0.0209	-0.0234	0.2334	-0.0022	0.204	11.2595	25.1313	-4.1729
12	2.263	0.5483	-0.0472	3.3296	1.7079	3.4394	-0.09	-0.0243	-0.1111	0.2381	0.0405	-0.1728	0.0774	0.5295	0.0171	0.3216	0.0119	-0.0023	0.2621	0.0128	0.2817	19.2331	17.6506	-12.7736
13	1.4654	0.5397	0.0613	2.2583	-0.3448	2.0017	-0.0275	0.0513	-0.0886	-0.1274	-0.1085	0.1057	-0.019	-0.1078	0.1055	0.2127	0.0454	-0.0436	0.2355	-0.0289	0.2577	12.1988	25.5258	-13.3907
14	2	2	2	2	2	2	1.7303	-0.8811	1.1001	4.863	-0.0408	7.0711	-1.5077	2.1881	-1.6215	1.2848	-0.092	-0.0146	0.8221	0.4553	0.8403	28.7359	38.1249	-17.3508

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 111 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 41 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 96 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 97 through 112 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 113 through 142 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 143 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 166 through 214 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 215 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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