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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fmm | ||||||
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タイトル | Complex structure of wild type Troponin complex | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Ca sensing complex / troponin complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / regulation of muscle contraction / muscle filament sliding / transition between fast and slow fiber / negative regulation of ATP-dependent activity / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of heart contraction / sarcomere organization / tropomyosin binding / heart contraction / troponin I binding / striated muscle thin filament / skeletal muscle contraction / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / cardiac muscle contraction / Ion homeostasis / sarcomere / response to calcium ion / actin filament binding / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / heart development / actin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, P. / Ahmed, M. / Sadek, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Phenotypic Correction of K210del Genetic Cardiomyopathy by an FDA Approved drug 著者: Wang, P. / Ahmed, M. / Sadek, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18673.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 13100.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 15405.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium acetate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 16901 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.11→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.483 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.98 Å2 / Biso mean: 41.8571 Å2 / Biso min: 0.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.112→41.241 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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